Informe de inferencia filogenética














INFORME DE INFERENCIA FILOGENÉTICA

















Sharon A. Escobar Esparza
Massiel C. Vergara Aguilar



Profesor Reinaldo Vargas
Para iniciar este informe, previo a la exhibición y discusión de los árboles que han resultados de los análisis de inferencia filogenética por Maximum Likelihood (MLE) e Inferencia Bayesiana, creemos que essumamente importante exponer dentro de todo que la finalidad de los análisis filogenéticos es estimar una filogenia (árbol filogenético) que muestre la historia evolutiva del grupo taxonómico de estudio, en este caso Chloraeinae (Orchidaceae).
Basándonos en las relaciones filogenéticas de Chloraeinae, hemos dispuesto para la discusión comparativa de tres tipos de métodos de inferencia filogenética,tomando como referencia para los efectos de comparación el árbol de Máxima Parsimonia (MP). Los árboles obtenidos por Maximum Likelihood y por Métodos Bayesianos son el resultado de nuestro análisis, los cuales contrastaremos en términos topológicos con el árbol de Máxima Parsimonia.
Antes de proceder a la exposición de nuestro análisis, es preciso explicitar que en el análisis filogenético porMLE, en bootstrap los soportes se dan por repeticiones independientes del análisis, en cambio en la Inferencia Bayesiana, que se basa en probabilidades acumulativas, cada repetición es el punto inicial para la repetición siguiente; así obtenemos una acumulación de topologías con las que se podrá calcular la probabilidad posterior. La MP conduce a la elección del árbol filogenético que explica lafilogenia de un grupo – en este caso Chloraeinae – con el menor número de pasos. Ahora bien, considerando estas apreciaciones, desplegaremos a continuación nuestra discusión.
Para la realización de nuestros análisis filogenéticos utilizamos un set de datos inferior (37 taxas) al que fue utilizado en el estudio de Chloraeinae que representa nuestra referencia comparativa (42 taxas). Este hechoexplicaría algunas diferencias entre las relaciones de los taxas y entre las proporciones de soporte de las ramas de los 3 árboles las que evidenciaremos a posteriori. Estas diferencias pueden también ser explicadas por el criterio de optimización y el modelo evolutivo que haya sido empleado en ambos.
Tenemos que en el nodo del cual surge el grupo en cuestión – excluyendo por supuesto al grupoexterno Codonorchis lessonii – en los árboles de MP y MLE se produce una bifurcación, en cambio en el árbol bayesiano se produce un politomía a ese nivel. Y, prosiguiendo con las politomías, en MP existen 9 politomías, de las cuales 8 son las que interesan para nuestra comparación. A través de MLE se presentan 4 politomías, y por Inferencia Bayesiana tenemos 5, las cuales originarán algunos cladosdiferentes dentro de cada árbol. Esto puede ser, como mencionamos con anterioridad, producto de los datos, del modelo evolutivo o del criterio de optimización utilizados.
En los 3 árboles vemos la presencia de dos politomías fuertes para los clados A y 1, que cojuntamente con los lados B y C, están comprendidos por el clado α, el de las Chloraea. Estas politomías surgen en los 3 árboles y puedenrepresentar:
Falta de conocimiento: significa normalmente que no tenemos datos suficientes para entender cómo se relacionan los taxas.
Especiación rápida: a veces, significa que sucedieron múltiples episodios de especiación al mismo tiempo. En este caso, todos los taxas están relacionados entre sí.
Estos clados (A, 1, α) están soportados dentro del rango de buenos valores para cada criterio deoptimización.
La mayor parte de os clados están presentes en los 3 árboles, con excepción de los siguientes:
Clado E (MLE) = Clado G (Mr.Bayes)
Clado 3 (MLE) = Clado 4 (Mr. Bayes)
Clado γ (MLE)
Los clados E y G son iguales en MLE y Mr. Bayes, los cuales contienen los taxas Chloraea speciosa y Chloraea gaudichaudii, pero el árbol de referencia de MP exhibe una diferencia a este nivel,...