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Clasificación
La clasificación de los protistas ha variado mucho en los últimos veinte años. Las nuevas técnicas de comparación directa de secuencias de nucleótidos han permitido salvar el problemade la escasez de los caracteres morfológicos, sobre todo por su pequeño tamaño y organización sencilla.
El reino Protista constituye un taxón parafilético puesto que se basa en elcarácter plesiomórfico de la unicelularidad ya que no contiene a todos los descendientes de las especies que la abarca. La pluricelularidad se desarrolló independientemente en varios gruposde Eukarya: Animalia, Fungi,Plantae, Heterokontophyta y Rhodophyta. A pesar de que todos estos grupos tienen como origen un protista, sólo los dos últimos se clasifican dentro del reino Protista.
Los protistas han tenido un papelcentral en el origen y evolución de la célula eucariota. La evolución subsecuente es difícil de determinar por las recombinaciones intertaxonómicas primarias, secundarias e incluso terciarias quetuvieron lugar. Sin embargo, comparaciones de múltiples genes y de datos ultraestructurales aclaran en cierta medida tales eventos.



Árbol de la vida mostrando las relaciones de los seis principalesclados de protistas


Árbol de la vida mostrando la radiación de los protistas.

Uno de los clados, Primoplantae o Archaeplastida: comprende en Rhodophyta (algas rojas) y Glaucophyta. Es también elorigen de las algas verdes y de las plantas vasculares terrestres. Por ello hoy varios autores incluyen esta rama menor de Primoplantae dentro de la mayor, o clado de las Plantas, y no en elprotista. Este clado se caracteriza por la presencia de cloroplastos .

Otros dos grupos, Chromista y Alveolata: presentan cloroplastos que se supone han sido adquiridos por endosimbiosis secundaria deun alga roja. Algunos miembros han perdido posteriormente los cloroplastos y otros han llegado al nivel de organización pluricelular.
El clado Excavata comprende un gran número de protistas que...