Intro Bd

Biología Computacional / Bioinformática

Laboratorio
Introducción / Bases de Datos.

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¿Qué es la Bioinformática?

La bioinformática es el campo de la ciencia
en donde la biología, la ciencia de la
computación, y la tecnología de información
se funden en una disciplina.
El objetivo principal es el descubrimiento de
nuevos indicios biológicos, como también
crear una perspectiva global de lacual
poder unificar principios de la biología.
(NCBI Education)
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Subdisciplinas

Desarrollo de nuevos algoritmos que permitan
determinar relaciones en muestras de gran
tamaño.
■ Análisis e interpretación de varios tipos de
datos, incluyendo secuencias de nucleótidos y
aminoácidos, dominio de proteínas, y
estructuras de proteínas.
■ Desarrollo e implementación de herramientas
para permitir un accesoeficiente a la
información.
■

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Herramientas.

Problema Biológico
■ Secuenciación.
■ Captura de genes.
■ Localización
subcelular de
proteínas.
■ Comparación de
proteínas.

Solución Computacional
■ Base de datos.
■ Planillas de cálculo.
■ Alineamiento.
■ Reconocimiento de
patrones.
■ Datamining.
■ Especializadas.
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Bases de datos

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¿Qué es una base de datos?

Una Base de Datos es unconjunto de datos
relacionados y almacenados para un
proposito particular con una estructura
lógica.
Base de Datos = Estructura + Datos.

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Ejemplo: Un biblioteca.

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¿Cómo se organizan los datos?

La organización depende de las
consultas que se piensan realizar sobre
la base de datos.
De las consultas se concluye los
conjuntos, relaciones y lógicas que
existen entre los datos.

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Ejemplo:Biblioteca II

Consulta...

AUTOR

Lista de Autores

TÍTULO

Lista de Títulos

TEMA

Temas x Estantes

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¿Cómo mantener una base de datos?

El motor de base de datos es el software
encargado de mantener consistencia en los
datos y responder las consultas a realizar.
El software debe tener las siguientes
herramientas para ser declarado como un
motor de base de datos:
■ Lenguaje de Definición deEstructura.
■ Lenguaje de Modificación de Datos.
■ Lenguaje de Consultas.
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Ejemplo: Biblioteca III

El Bibliotecario...

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¿Cómo se crea una base de datos?
La creación de la base de datos excede los
objetivos de la materia, pero se darán las pautas
más importantes para su creación.
■

Consultas y operaciones:
–

■

¿Qué voy a consultar? ¿Qué necesito almacenar?

El diseño debe ser formal, no debehaber
ambigüedades.
–

Existen lenguajes gráficos que ayudan al diseño.

¡Un mal diseño puede complicar la consistencia
de los datos! Aún siendo formal...
■ ¡Tiempo!
■

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Operaciones
Las operaciones básicas en una base de datos
son la consulta, la inserción, modificación y
eliminación de datos.
■ Quienes realizan estas operaciones son los
usuarios. Los usuarios no solo son personas sino
tambiénprocesos o sistemas externos.
■ Existen dos clases de bases de datos según sus
operaciones más comunes: operacionales y
analíticas.
■

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Base de Datos por Consulta

■ Base
–
–
–
–

de datos operacionales.

Continua inserción de datos.
Los datos provienen de un proceso automático o
repetitivo, pueden traer error.
Los datos están actualizados.
Objetivo: Almacenar datos.

■ Bases
–
–
–
–

de datosanalíticas

Optimizada para consultas.
Los datos están confirmados.
Los datos no están actualizados.
Objetivo: Buscar información.

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Diseño formal

Los motores de base de datos necesitan
formalidad para crear las estructuras físicas
necesarias para mantener la base de datos.
Las herramientas que se usan para
simplificar el diseño son los lenguajes
gráficos formales como UML y ER.

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Diagramas ERy UML

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¿Algo más?

El diseño esta relacionado al motor de base
de datos. Las bases de datos fueron
evolucionando durante los últimos años
dejando varios modelos que permiten
representar la organización de los datos, por
supuesto, uno más restrictivo que otro.

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Modelos de Base de datos.
Planas: No se verifica la consistencia de los
datos. (¡No es una base de datos!)
■ Jerárquicas:...