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Nace en Lima el 4 de noviembre de 1816 en la antigua calle de Afligidos, actual Jirón Caylloma N'125..Su padre fue italiano: Andrés Bolognesi, sobresaliente violoncelista, director de orquesta, oriundo de Génova, llegado al Perú en 1810. Su madre, arequipeña: Juana Cervantes Pacheco. Tuvo tres hermanos: Margarita, Manuela y Mariano.
Muy joven se trasladó con su familia a la ciudad de Arequipa,donde cursó estudios en el Seminario de San Jerónimo. A la muerte de su padre asumió la conducción de los negocios familiares
Sus primeros estudios fueron cursados en el colegio Seminario de Arequipa desde los 8 a los 16 años. Luego sigue los pasos de su padre dedicándose al comercio, entrando a trabajar a la casa Lebris y Violler.
En la ciudad blanca residió junto a su familia en la casaubicada hoy en la esquina de las calles Puente Bolognesi y Villalba hasta el año 1847, pasando luego a vivir a la casa ubicada en la calle Sucre Nº 209.
El bautismo castrense de Francisco Bolognesi ocurrió en julio de 1844,cuando las fuerzas vivanquistas y castillistas (por las que peleaba), se enfrentan en la batalla de Carmen Alto o Acequia Alta, acción que decidió su destino, donde mostró coraje,por lo cual Castilla le ofreció un puesto cerca de él, lo cual fue rechazado por Bolognesi, pues pensaba que su futuro debía seguir en el comercio, trasladándose presumiblemente a la ciudad de Cusco.
Entre 1840 y 1844, Bolognesi fue extractor y comercializador de coca y cascarilla en la zona de Paucartambo, Piñipiñi y Pantiacolla. Recién en 1853 se decide por la vida militar, cuando parecíainminente una guerra con Bolivia. La guerra no llegó a producirse pero estalló una revolución contra el gobierno de Echenique, que originó en Arequipa un pronunciamiento favorable a los revolucionarios.
En esta acción se vuelven a encontrar Bolognesi con Castilla, siendo nombrado el primero Teniente coronel y puesto como ayudante del estado mayor general de la provincia de Arequipa y luego como segundojefe del Batallón 2º Libres de Arequipa.
Parte junto a Ramón Castilla sobre Cusco como comisario general del ejército libertador en junio de 1854, avanzando luego sobre Andahuaylas, Chincheros, Ayacucho y Huancayo, para luego partir a las puertas de Lima, participando en la batalla final de La Palma. Después del triunfo de Castilla, en la Batalla de La Palma, pasó a servir en la InspecciónGeneral del Ejército.
Al finalizar la Revolución, Bolognesi se mantiene en el cargo de comisario. Fue destinado luego a la supervigilancia del hospital militar, donde se desempeño con eficiencia y laboriosidad. Algún tiempo de paz reinó en el Perú hasta que en 1856 se levanta contra el gobierno la ciudad de Arequipa al mando del general Manuel Ignacio de Vivanco, adhiriéndose al norte del Perú. En1856, es nombrado Edecán del Presidente Castilla y fue ascendido a Coronel en mérito a su destacada actuación durante la campaña emprendida por el gobierno contra la revolución de Vivanco.

Bolognesi, fue enviado como segundo del general Manuel Layseca en la sección de Infantería. Desembarca en Pacasmayo, ocupan San Pedro de Lloc y avanzan hacia Trujillo, donde derrotan a las fuerzas rebeldes delnorte y comenzando el camino hacia el sur, donde Francisco Bolognesi marchaba a cargo de 8 piezas de artillería. El 5 de mayo de 1858, Arequipa luego de una heroica resistencia es derrotada, con una brillante actuación del teniente coronel Bolognesi, lo que lo hizo merecedor de los galones de coronel el mismo día de la victoria.
La tranquilidad duró poco. En octubre del mismo año se moviliza almando del Batallón Volante de artillería en la fragata Amazonas rumbo a Guayaquil en ayuda del país vecino que caía en la anarquía en la llamada Campaña en el Ecuador.De vuelta al Perú, fue enviado por el presidente Castilla a Europa para adquirir armamento, principalmente de artillería. Volvió al Perú el 18 de enero de 1862.
Al comenzar el año de 1863 los países americanos veían con preocupación...