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Fate/stay night cuenta las vivencias de Shirō Emiya durante dos semanas, un muchacho que asiste a la escuela Homurabara Gakuen en la Ciudad Fuyuki. Shirō perdió a su familia hace diez años en unenorme incendio que consumió casi toda la zona y en el que también él resultó envuelto. Cuando se da por vencido y acepta su propia muerte, un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre,Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y con el paso del tiempo, le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su inútil sueño de convertirse en "Héroe de la Justicia" (正義の味方 Seigi noMikata?), un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia (魔術 Majutsu?), pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoríade hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.
Lo queShirō desconoce, es que la Ciudad Fuyuki se ha vuelto el escenario de una secreta y violenta guerra de magos. Desde hace ya dos siglos que se escogen a siete hechiceros para que entablen una lucha amuerte, en busca de obtener el Santo Grial, un cáliz legendario que concede cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años, la última acabó hacía apenas unadécada, pero la quinta comienza prematuramente. Cada hechicero (o “Master”/"Maestro") puede invocar a un espíritu legendario de nombre “Servant”, que le ayudará en su batalla.
Una noche, después delimpiar el dōjō de arquería, Shirō descubre a dos Servants, Archer y Lancer, peleando en el patio. Para evitar exponer el hecho de la existencia de la guerra, Lancer interrumpe la batalla y se dirige aasesinar al chico, y éste, en un intento por salvarse, desestabiliza todo su poder mágico en algún conjuro de defensa… pero atónito ve que, ante sus ojos, aparece una hermosa joven vestida con...