Kyara Issabella
Páginas: 7 (1551 palabras)
Publicado: 13 de julio de 2012
Microbiología General
Facultad de Ciencias Exactas - UNLP
Anexo de Taxonomía
TAXONOMÍA NUMÉRICA
Para la identificación de microorganismos se hace uso de distintos ensayos que tienen en cuenta fundamentalmente dos tipos de variables: cualitativas y cuantitativas.
Las variables cualitativas son aquellas que consideran solamente la presencia o ausencia de un determinado carácter. Porejemplo, podemos decir que una bacteria fermenta o no un determinado hidrato de carbono o es capaz de crecer en presencia de altas concentraciones de cloruro de sodio. Por otro lado, las variables cuantitativas serán valores numéricos correspondientes a determinadas propiedades: longitud, temperatura óptima de desarrollo, etc.
Con el objeto de evaluar objetivamente la similitud entremicroorganismos, se hace necesario establecer coeficientes numéricos que den cuenta de los grados de proximidad entre las distintas unidades taxonómicas (en este caso cepas de microorganismos). Estas unidades taxonómicas, se denominan OTUs (Operational Taxonomic Units) y pueden establecerse entre ellas, coeficientes de similitud y de distancia.
Coeficientes de similitud
El más utilizado es el SSM(simple matching) que se define como la proporción de características que coinciden entre dos OTU. Se aplica a variables cualitativas.
SSM= n° de características que coinciden
n° de características estudiadas
Coeficientes de distancia
Distancia taxonómica: se aplica fundamentalmente a variables cuantitativas. Como puede apreciarse en el dibujo, representa la distancia euclideanaentre dos puntos situados en el espacio fenético.
La distancia entre OTU 1 y OTU 2 será : d=[(2-1)2 + (2-1)2]1/2
En el caso en que se estudien un gran número de variables, que es lo que ocurre en la práctica, ya no estaríamos hablando de un plano fenético sino de espacio fenético el cual tendrá tantas dimensiones como variables se estén considerando. La distancia taxonómica paraeste caso general será:
Donde los ( representan los valores de las variables correspondientes a cada cepa, para cada una de las características estudiadas.
Para variables cualitativas, la distancia se define como d=[(1-SSM)]1/2, aunque también puede calcularse asignándole valores a las variables cualitativas (Ej. + ( 1 y - ( 2).
REPRESENTACIÓN GRÁFICA DE LOS RESULTADOS:DENDROGRAMAS
Para visualizar fácilmente las similitudes entre diferentes microorganismos, puede realizarse una representación gráfica. Obviamente, esto involucrará un análisis multifactorial debido al gran número de variables en estudio. A continuación se darán los pasos que se deben seguir en general para la construcción de un dendrograma.
Una vez determinadas todas las característicasde los microorganismos en estudio, los datos se organizan en una matriz simétrica que se denomina matriz básica de datos. A continuación se da un ejemplo:
|Pruebas |cepas (OTUs) |
|realizadas ||
| |1 |2 |3 |4 |
|fermentación de | | | | |
|glucosa |+|+ |+ |+ |
|sacarosa |+ |+ |+ |- |
|lactosa |+ |- |+ |- |...
Facultad de Ciencias Exactas - UNLP
Anexo de Taxonomía
TAXONOMÍA NUMÉRICA
Para la identificación de microorganismos se hace uso de distintos ensayos que tienen en cuenta fundamentalmente dos tipos de variables: cualitativas y cuantitativas.
Las variables cualitativas son aquellas que consideran solamente la presencia o ausencia de un determinado carácter. Porejemplo, podemos decir que una bacteria fermenta o no un determinado hidrato de carbono o es capaz de crecer en presencia de altas concentraciones de cloruro de sodio. Por otro lado, las variables cuantitativas serán valores numéricos correspondientes a determinadas propiedades: longitud, temperatura óptima de desarrollo, etc.
Con el objeto de evaluar objetivamente la similitud entremicroorganismos, se hace necesario establecer coeficientes numéricos que den cuenta de los grados de proximidad entre las distintas unidades taxonómicas (en este caso cepas de microorganismos). Estas unidades taxonómicas, se denominan OTUs (Operational Taxonomic Units) y pueden establecerse entre ellas, coeficientes de similitud y de distancia.
Coeficientes de similitud
El más utilizado es el SSM(simple matching) que se define como la proporción de características que coinciden entre dos OTU. Se aplica a variables cualitativas.
SSM= n° de características que coinciden
n° de características estudiadas
Coeficientes de distancia
Distancia taxonómica: se aplica fundamentalmente a variables cuantitativas. Como puede apreciarse en el dibujo, representa la distancia euclideanaentre dos puntos situados en el espacio fenético.
La distancia entre OTU 1 y OTU 2 será : d=[(2-1)2 + (2-1)2]1/2
En el caso en que se estudien un gran número de variables, que es lo que ocurre en la práctica, ya no estaríamos hablando de un plano fenético sino de espacio fenético el cual tendrá tantas dimensiones como variables se estén considerando. La distancia taxonómica paraeste caso general será:
Donde los ( representan los valores de las variables correspondientes a cada cepa, para cada una de las características estudiadas.
Para variables cualitativas, la distancia se define como d=[(1-SSM)]1/2, aunque también puede calcularse asignándole valores a las variables cualitativas (Ej. + ( 1 y - ( 2).
REPRESENTACIÓN GRÁFICA DE LOS RESULTADOS:DENDROGRAMAS
Para visualizar fácilmente las similitudes entre diferentes microorganismos, puede realizarse una representación gráfica. Obviamente, esto involucrará un análisis multifactorial debido al gran número de variables en estudio. A continuación se darán los pasos que se deben seguir en general para la construcción de un dendrograma.
Una vez determinadas todas las característicasde los microorganismos en estudio, los datos se organizan en una matriz simétrica que se denomina matriz básica de datos. A continuación se da un ejemplo:
|Pruebas |cepas (OTUs) |
|realizadas ||
| |1 |2 |3 |4 |
|fermentación de | | | | |
|glucosa |+|+ |+ |+ |
|sacarosa |+ |+ |+ |- |
|lactosa |+ |- |+ |- |...
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