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Una profunda fe en Dios, en la Virgen María y en la corte celestial alumbró el mundo espiritual del conquistador y del criollo. La inspiración espiritual reposabatambién en una acentuada fidelidad al magisterio de la Iglesia. La estrecha unión con el Estado confundió los fines de ambos que aparecieron, por así decirlo, actuando en unsolo sentido. Esta comunión provenía desde tiempos remotos, cuando la religión había hecho posible la unificación de España.
Ignacio de Loyola.

Fueron en su mayorparte teólogos españoles los que fijaron en el Concilio de Trento la nueva disciplina y organización de la Iglesia y la fundación de la Compañía de Jesús por el vascoIgnacio de Loyola. Había una nueva cruzada y España mantuvo un fervor místico que aparecía totalmente decaído en el resto de Europa.

La teología fue el cauce inspiradorde las grandes decisiones y el gobierno, las leyes y en alguna forma la economía, debieron amoldarse a sus dictámenes.

La Iglesia como institución tuvo una importanciacapital en el mundo colonial, compartió directa o indirectamente con las autoridades civiles las responsabilidades de gobierno. La Iglesia estuvo vinculada al Papado ya la monarquía. Los reyes en su calidad de católicos amparaban y apoyaban a la Iglesia, a la vez que tenían algunos derechos sobre ella. Es lo que se ha denominadoDerecho de Patronato.

Conforme a este sistema, los reyes proponían a Roma a los eclesiásticos que debían ocupar los altos cargos. Obispos, canónicos, etc. Sólo el Reypodía autorizar la construcción de iglesias, capillas, conventos. A su vez, proporcionaba los fondos para todos los gastos, cobrando por su cuenta el derecho del Diezmo.