La presencia de los dominicos en Puerto Rico se inicia en el año 1509

La presencia de los dominicos en Puerto Rico se inicia en el año 1509, cuando el primer grupo de frailes en que vino a América estuvo de paso en puertorico, camino a la española. Este primer grupo estaba compuesto por fray pedro de córdoba, fray Antonio montesino, fray Bernardo de santo domingo y fray domingode villamayor que viajaban en la nave Espínola, y que hicieron su primera parada en el nuevo mundo en tierra de borinquen. Para finales de diciembre de 1510llegaron los frailes de la segunda expedición, y a mediados de 1511 el tercer grupo de frailes.
En su estadía en puerto rico uno de los integrantes, frayAntonio de montesino, enfermo gravemente y sus compañeros acordaron que se quedara a restablece en caparra mientras ellos continuaban su viaje a tierra firme.El historiador Antonio cuesta, fue durante su convalecencia en la isla que montesino proyecto fundar un convento en la isla. En 1521 se llevó a cabo eltraslado de caparra a la isleta de san juan, uno de los proyectos principales permanentes fue un convento para dominicos.
El primer prior del convento fue frayluís cáncer, insigne misionero dominico que murió mártir en la florida en 1549.
La iglesia conventual de santo tomas de Aquino fue construida a partir de1532. La iglesia es lo mejor del arte gótico en América. En ella fueron enterrados, con el hábito de la orden de predicadores, los miembros de la tercera orden,entre ellos José Campeche y Jordán, el primer pintor nacional de Puerto Rico. El convento formó parte de la provincia de la santa Cruz de las indias.