Leyes Gases

Páginas: 16 (3929 palabras) Publicado: 15 de mayo de 2012
El análisis del transcriptoma de la embriogénesis pez cebra utilizando microarrays
El pez cebra (Danio rerio) es un modelo bien conocido para el estudio de la genética del desarrollo de vertebrados, sin embargo, al mismo tiempo, se sabe poco sobre los acontecimientos que subyacen en la embriogénesis de la transcripción de pez cebra. Aquí hemos utilizado el análisis de microarrays para estudiarla actividad temporal de los genes regulados desarrollo durante la embriogénesis del pez cebra. Análisis de transcriptoma en 12 puntos diferentes de tiempo embrionario que abarca cinco diferentes etapas de desarrollo (la madre, blástula, gástrula, segmentación y pharyngula) reveló un perfil transcripcional muy dinámico. Agrupamiento jerárquico, la agrupación etapa específica, y los algoritmos paradetectar la aparición y el pico de la expresión génica revelaron grupos claramente delimitados transcripción con la actividad del gen máxima en distintas etapas de desarrollo, así como co-regula la expresión de grupos de genes implicados en funciones exclusivas, como la organogénesis. Nuestro estudio también reveló una cohorte previamente no identificado de genes que se transcriben antes de latransición a mediados de blástula, un punto de tiempo antes de que el genoma del zigoto se pensaba tradicionalmente que se active. Aquí les ofrecemos, por primera vez a nuestro conocimiento, una lista completa de genes de pez cebra desarrollo regulado y sus perfiles de expresión durante la embriogénesis, incluyendo nueva información sobre la expresión temporal de varios miles de genes previamentecaracterizados. Los datos de expresión generados a partir de este estudio son accesibles a todos los científicos interesados ​​en nuestra base de datos Resource Institute (http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/ ~ go ind / pez cebra / data_download.html).

En un esfuerzo por arrojar luz sobre el misterioso proceso molecular de la embriogénesis, los científicos han empleado el enfoque de gran alcancetecnológico de alta densidad de microarrays para analizar por primera vez (hasta donde sabemos) los patrones de expresión de más de 16.000 genes de pez cebra durante las principales etapas de el desarrollo embrionario. Se determinó que los genes en el pez cebra desarrollo regulado se podrían agrupar en base a su tiempo de aparición transcripción de acumulación (de activación) y su pico de actividad(la acumulación de pico). Por ejemplo, los genes que codifican reguladores transcripcionales se activan de forma masiva antes de la meta genes que controlan. Así, el perfil de expresión génica en el desarrollo del pez cebra se pueden agrupar en las sucesivas oleadas de la activación de genes seguida por la actividad máxima. Un grupo muy novedoso de los genes, que fue descubierto en este estudioes un conjunto de alrededor de 100 genes que se activan incluso antes de lo que se pensaba que los primeros tiempos de activación de la transcripción de embriones. Estos genes son propensos a ser importante para la preparación de las células embrionarias para la posterior activación del genoma de alto nivel y el desarrollo normal.
El pez cebra es un modelo vertebrado importante para el análisis delos genes de desarrollo regulado. Sus ventajas son la rapidez de desarrollo de embriones transparentes, un corto tiempo de generación, y docilidad a la manipulación genética. En los últimos años, a gran escala de mutagénesis han sido realizados por mutágenos químicos [1-3] e inserciones proviral [4-6]. Herramientas genéticas, como la transgénesis y morfolino knock-down ensayos se han establecidopara el pez cebra [7,8]. En efecto, una combinación única de estas características hace que el pez cebra un fuerte modelo para estudiar los trastornos del desarrollo de vertebrados y las enfermedades hereditarias humanas [1,9-11]. Se cree que el genoma del pez cebra puede contener un 30% más genes que el genoma humano, debido a una nueva ronda de la duplicación del genoma de unos 450 millones de...
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