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A la llegada de los españoles el mundo maya en el actual territorio del Estado estaba dividido en cuatro cacicazgos o provincias que eran, de norte asur: Ecab, Cochua, Uaymil y Chactemal. En la provincia de Cochua se encontraban poblaciones actualmente pertenecientes al municipio de Felipe CarrilloPuerto, como son Chuyaxche, Polyuc, Kampocolche, Chunhuhub, Tabi y la capital que se localizaba en Tihosuco. También de la provincia de Huaymil se conocenpoblaciones mayas asentadas en la Bahía del Espíritu Santo y lo que es hoy la ciudad de Felipe Carrillo Puerto.
Comandados por Francisco de Montejo en1544 se conquistó el actual territorio del municipio, quedando sus pobladores sujetos al sistemas de encomiendas, con lo cual tuvieron que entregartributo, servir a los conquistadores y sufrir malos tratos y explotación. Esta situación perduró durante la colonia y la independencia sin que hubiera ningúnbeneficio para los índigenas, hasta que el 30 de julio de 1847 se rebelaron en Tepich comandados por Cecilío Chí y más tarde por Jacinto Pat y otroslíderes mayas, iniciando la Guerra de Castas que durante más de 80 años mantuvo en pie de guerra a los mayas de la Península.
Durante este periodo se fundóChan Santa Cruz, residencia de la Cruz parlante que fue un símbolo para integrar a los rebeldes mayas y que operó como la capital de los indígenas,motivo por el cual fue conquistada en varias ocasiones; después esta población se convertiría en la ciudad de Felipe Carrillo Puerto, cabecera municipal.