Los

Los "dominios" reales de la vida
David A. Walsh, , 
W. Ford Doolittle, 
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doi: 10.1016 / j.cub.2005.03.034
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Hace seis meses, Alastair Simpson y Andrew Roger publicados en estas páginas un manual sobre "Los" reinos "reales de los eucariotas". Este Manual debe ser visto como un compañero a lade ellos, abordando no sólo la clasificación actualmente aceptada de procariotas, sino también las relaciones evolutivas entre procariotas inferidos - Las bacterias y arqueas - y entre ellos y los eucariotas.Puede parecer sorprendente en esta era postgenómica que éstos siguen siendo áreas de investigación activa y vigorosa controversia. Las relaciones no son simples, sin embargo, y hay desacuerdolegítimo, a nivel filosófico, sobre cómo las complejidades deben ser tratados para producir el mejor "clasificación natural".
Procariotas profundamente dividido
El jugador clave en la clasificación molecular microbiana ha sido el componente ARN de la subunidad pequeña de los ribosomas (SSU rRNA, o 16S / 18S rRNA), que Carl Woese perspicazmente recogió en la década de 1970 como un "cronómetromolecular universal" conveniente y confiable. Su objetivo era nada menos que un árbol de vida global, relacionando todos los seres vivos, pero la mayoría de inmediato su propósito era resolver los procariotas. En 1977, él y su postdoc George Fox estaban listos para anunciar al mundo que estos podrían ser inequívocamente dividen en dos grupos muy distintos, sobre la base de la secuencia SSU rRNA. Elprimer grupo estaba integrado por organismos sobre todo bien estudiados, tales como E. coli , cianobacterias y ántrax, que llamaron 'eubacterias'. El segundo se compone de tipos menos conocidos, como metanógenos y (como pronto descubrieron) halófilos extremos y algunos acidophiles termófilas, que llamaron colectivamente 'arqueobacterias'.
Eso procariotas son diversas no fue una sorpresa, pero quepodría ser tan prolijamente dividida en dos, y sólo dos, grupos ciertamente era, y así no es ampliamente aceptada hasta otras características que distinguen el dominio Archaea del dominio Bacteria (como se les llama ahora ) fueron descritos. A principios de 1980, estos rasgos se sabe que incluyen: la posesión de ARN polimerasas más como su eucariota que sus homólogos bacterianos en la composición desubunidades y secuencias; algunas características de traducción compartidas específicamente eucariotas; insensibilidad a la mayoría de los antibióticos antibacterianos; y glicerolípidos de membrana únicas compuestas de isoprenols éter-vinculados a glicerol-1-fosfato, los de bacterias y eucariotas son ácidos grasos unidos a éster de glicerol-3-fosfato. Lípidos han unido a éter, sin embargo, ahorahan encontrado en varias bacterias termófilas, y los ácidos grasos se detectado recientemente en un archaeon, dejando sólo la forma de estereoisómero de la columna vertebral de fosfato de glicerol como una herramienta de diagnóstico para diferenciar entre las membranas absolutamente archaeal y bacterianas.
En la década de 1970, información de la secuencia parcial (catálogos de oligonucleótidosgenerados por nucleasas) se podría obtener. Ahora, por supuesto cerca de genes completos son fácilmente amplificado por PCR, clonado y secuenciado. La base de datos SSU rRNA partir de febrero de 2005 incluyó más de 125.000 entradas! Estos siguen apoyando la división de los procariotas en dos dominios, cada uno con subdivisiones más comúnmente llamados 'filos "( Figura 1 ). Archaea espectáculo hastaahora sólo dos o tres grandes grupos constituyentes (tal vez debería ser "reinos"): el Euryarchaeota, la Crenarchaeota y (posiblemente) el Korarchaeota. Entre las bacterias que hay al menos 52 phyla; algunas de ellas resultan corresponder exactamente a las divisiones de bacterias reconocidos en días secuencia pre-moleculares por fenotipo molecular y celular solos, como las cianobacterias y...