manejo del programa gregor

ACTIVIDAD
MANEJO DEL PROGRAMA GREGOR.
GREGOR es un programa de simulación genética elaborado por N.A. Tinker y D.E. Mather en 1993, que se basa en un genoma compuesto por un conjunto de loci con dos alelos alternativos que se distribuyen linealmente a lo largo de los cromosomas. GREGOR tiene tres módulos: G2, G7 y G10 los cuales difieren por el número de cromosomas, loci por cromosoma y ladistancia entre loci

G2. Genera individuos con 2 pares de cromosomas, 20 loci en cada cromosoma y 5 centimorgans (cM) entre los loci adyacentes.
G7. Genera individuos con 7 pares de cromosomas, 64 loci en cada cromosoma y 2 cM entre los loci adyacentes.
G10. Genera individuos con 10 pares de cromosomas, 160 loci en cada cromosoma y 1 cM entre los loci adyacentes.

GENERAR UNA POBLACIÓN.Denominaremos población a un grupo de individuos que se cruzan entre sí, por o tanto comparten un acervo común de genes que se transmiten de generación en generación de acuerdo con las leyes mendelianas básicas.
Las poblaciones pueden variar en tamaño desde el conjunto total de individuos de una raza o incluso una especie, hasta los miembros de un único rebaño, o de un grupo de cruzamientodentro de, por ejemplo una perrera o un aviario.

En la Pantalla Principal:
Main menu
Population menu ┘*
Define population┘
a) Escriba el nombre de la población. Ejemplos de nombres: UNO, DOS, CABRA, BORREGO, BOVINO. ┘
b) Escriba el número de individuos Ejemplos: 10, 20,….1000 (en múltiplos de 10 preferentemente) ┘
c) Elija el numero del genotipo para la población y presione enter, lasopciones son las siguientes
1. Random alelo at each locus (aleatorio en todos los locus del cromosoma).
2. Random homozygous pair at each locus (genera locus homocigotos en forma aleatoria).
3. Solid alelles at every locus (genera homocigotos sólidos en todo el cromosoma)
4. Dotted alelles at every locus (genera homocigotos punteados en todo el cromosoma)
5. Heterozygous complete coupling(heterocigotos completos).
6. Heterozygous random coupling (heterocigotos aleatorios).

EJEMPLOS. Genere tres poblaciones con los siguientes valores.

Nombre
UNO
DOS
TRES
Num. Individuos
10
10
10
Genotipo
3
1
5

VISUALIZACION DE LOS CROMOSOMAS DE LOS INDIVIDUOS GENERADOS
Main menu
Graphics menu┘
Graphical geotypes┘
a) Se elige la población (nombre).
b) Para ir viendo todos losindividuos┘ (en el ángulo superior izquierdo aparece el número de individuo. Si se quiere interrumpir el despliegue de individuos oprimir la tecla [Esc]

En la pantalla aparecen cuatro barras, que corresponden a los dos cromosomas con sus respectivos homólogos marcadas como cromosoma 1a, 1b y 2a, 2b. Cada división corresponde a un loci, si dentro de este loci ambos cuadros son del mismo colorsignifica que el individuo es homocigoto para dicho loci, mientras que si los cuadros correspondientes al loci son diferentes el individuo es heterocigoto para dicho loci.

GENERAR CARACTERISTICAS

Las características son particularidades o rasgos distintivos de un conjunto de individuos, como por ejemplo el color o la altura, las cuales tomaran distintos valores según el individuo, de tal formaque, en el caso del color existirán individuos rojos o negros y en la altura tendremos individuos altos o bajos.

Main Menu
Define a Trait┘
a) El nombre de la característica. Ejemplos de nombres: COLOR, CUERNOS, MANCHAS, RESISTENCIA.
b) Número de loci que controlan la característica (1, 2,….50)
c) Seleccionar si la ubicación de los loci, y posición en el cromosoma se hará manual (m) oaleatoria (r) ┘
d) Seleccionar si la aditividad o dominancia se hará en forma manual o aleatoria (m o r) ┘
e) Definir la posición y el efecto genético de los loci que codificaran la característica:
f) Aparece en la pantalla un cuadro para llenarlo (ejemplo):


LOCUS
CRH
POS
ADD
DOM
1
1
10
1
0
2
2
12
1
1
g) Pregunta si se quieren cambiar los valores de las varianzas aditiva,...