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El lago de Junín es un ecosistema de alta productividad y de diversidad biológica específica que a través de los años ha sido sometido a una fuerte presión, tanto por la extracción de sus recursos, el sobrepastoreo, la contaminación del lago con relaves mineros y aguas servidas de los poblados y ciudades aledañas. Las principales amenazas a la Reserva Nacional de Junín incluyen:

Actividadagrícola

La agricultura es de escaso desarrollo, limitándose a pequeños campos de cultivo y huertos familiares. Esta actividad esta poco desarrollada en los alrededores del lago, en comparación a la actividad pecuaria, debido a que por la altitud son pocos los cultivos que pueden prosperar en la zona, como papa y maca, planta ancestral cuyo cultivo se viene promocionando a partir del año 1996.      
                        Uso de terrenos en ladera para agricultura  

En los estudios y monitoreos de la calidad de agua del lago Junín se ha podido detectar cierta presencia de insecticidas agrícolas, los cuales llegan al lago por escurrimiento desde los campos aledaños y por los sistemas de drenaje de los principales poblados de los alrededores. Esto es consecuencia primordialmente delmal manejo que se realiza con estos productos por parte de los campesinos de la región. 

Actividad pecuaria

El lago Junín ha sido fuente de recursos desde épocas ancestrales, sin embargo en las últimas décadas el aprovechamiento de los recursos naturales ha estado mal orientado, llegando a la sobre explotación. Varios poblados vecinos tienen en la actualidad sobrepoblación de ganado, debido ala tendencia de esperar por una mejora en los precios de lana y carne, por lo cual mantienen su ganado. El problema se agudiza cuando llega la época seca y todos estos animales son llevados a los bofedales circundantes al lago, ocasionando sobrepastoreo, compactación y pérdida de estos ambientes altamente productivos.(19)

La actividad pecuaria en los alrededores del lago se basa principalmenteen el ganado ovino, y en menor medida vacuno y camélido. Cabe mencionar que el departamento de Junín ocupa el tercer lugar a nivel nacional, luego de Puno y Cuzco, en producción total de ovinos, estimándose que existen de 60 000 a 70 000 cabezas en los alrededores del lago.

El área protegida sólo permite la instalación y manejo de pastos cultivados en la zona de uso especial y no en otroslugares. Sin embargo, hay mucha genteque solicita instalar pastos introducidos en sectores no permitidos, especialmente a lado de la pista que va hacia Ondores. 

Existe gran cantidad de cercos para ganado en el interior de la reserva. La construcción de cercos para el ganado fragmenta el hábitat y restringe la libre circulación de las poblaciones silvestres. La presencia de ganado ha reducido lacobertura vegetal, el vigor de los pastos y el reemplazo de especies de pasto silvestre comestibles de buen sabor para los animales por especies herbáceas indeseables. El ganado no permite que se recuperen los pastos y se ven forzados a desplazarse hacia lugares con pastos, afectándolos constantemente.  

Actividad Minera

La Cuenca del lago de Junín, como la mayoría de lugares de la sierraperuana, no ha estado libre de la actividad minera iniciada durante el periodo de la conquista, habiendo sufrido una alta degradación ecológica. Históricamente, en el Lago Junín han confluido tributarios que han arrastrado permanentemente importantes cantidades de relaves mineros conteniendo metales pesados y otras sustancias que por acumulación perjudican al ecosistema y consecuentemente al serhumano, limitando la productividad del área al afectar directa o indirectamente a un alto número de los seres vivos del lago.

El principal problema que afecta al lago es la contaminación por relaves mineros, sobretodo al noroeste de la reserva donde desagua el río San Juan, el cual por décadas ha presentado aguas con un característico color rojo--ladrillo que generó la degradación de gran parte...