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Retrato ecuestre del General Joaquín Crespo. 1897. Óleo sobre tela. 346 x 253 cm. Palacio de Miraflores.
El 14 de febrero de 1884, Guzmán nombró a Crespo Ministro de Guerra y Marina (actualmenteMinistro del Poder Popular para la Defensa) y luego fue elegido Senador, para más tarde ser nombrado por el Congreso Presidente de la República para el periodo de 1884-1886, cuando termina su gobierno selo entrega a Manuel Antonio Diez, hasta llegar Guzmán.
El 27 de junio de 1888 el Dr. Juan Pablo Rojas Paúl es elegido nuevo Presidente, acontecimiento que obligó a Crespo residenciarse en lasAntillas, desde donde invadió a Venezuela y siendo vencido por el gobierno fue a dar como prisionero a la cárcel de La Rotunda, luego fue indultado por Rojas Paúl con la promesa de retirarse temporalmentede la política y se dedicó a atender su hato El Totumo en Guárico.
En febrero de 1892 estalló la Revolución Legalista comandada por Crespo la cual pretendía evitar la continuidad en el poder delpresidente Raimundo Andueza Palacios. En octubre de 1892 Crespo entró triunfante en Caracas y tomó el poder.

Época post-presidencia y muerte
Con la anuencia y ayuda de Crespo el 1 de febrero de 1897fue elegido Presidente de la República el general Ignacio Andrade en “elecciones libres” contra la figura del general José Manuel Hernández alias "el Mocho" quien no reconoció el triunfo de Andrade y sealzó en armas con el movimiento denominado el “Grito de Queipa”: "El Mocho" Hernández abandonó Caracas y se internó en los llanos de Cojedes. Crespo, como protector del gobierno, salió a someter al“Mocho” y el 16 de abril de 1898 el general Joaquín Crespo cayó muerto por un certero disparó efectuado por un franco tirador identificado como el caudillo venezolano Pedro Pérez Delgado,[cita requerida]mejor conocido como Maisanta, líder de la rebelión antigomecista; quien apuntó a un hercúleo personaje montado sobre un caballo alazán peruano de gran alzada, con capa blanca, botas de charol,...