Mecanismos De Catálisis Enzimática

El sustrato es otra proteína que posea el extremo carboxilo libre. La enzima tiene preferencia por aminoácidos aromáticos, aunque puede cortar con casi todos, excepto si el último aminoácido es laprolina (¿por qué?)
La reacción química consiste en la hidrólisis del último enlace peptídico en la que el protón del agua se añade al lado amino y el oxhidrilo al carbonilo del enlace.
Aunque lareacción es exergónica, el enlace peptídico es el derivado carbonílico más estable en la serie aldehído < cetona < anhídrido < tioester < éster < amida < amida N-sustituida, por lo que es difícil dehidrolizar. De hecho, la hidrólisis química requiere HCl 6 N a 90oC por varios días para completarse.
El sitio activo de esta enzima posee un átomo de zinc, además de los residuos del GLU270 y laARG127, que también participan. Aunque se han propuesto varios mecanismos, el más aceptado es el que se muestra abajo y está basado en una combinación de datos cinéticos químicos y cristalográficos. Estosúltimos revelan que en el sito activo, una molécula de agua se encuentra coordinada al zinc.
El protón del agua coordinada al zinc es hasta 6 unidades de pH más ácido que las moléculas de agua en lasolución (¿cuánto vale el pKa del agua?). De este modo, el GLU270 (en su forma básica) puede fácilmente abstraer dicho protón, lo que facilita el ataque nucleófílico del oxhidrilo resultante sobre elcarbono carbonílico.
Este último además se encuentra activado por un enlace iónico entre el oxígeno y la ARG127. Como resultado del ataque se forma un intermediario tetraédrico con el carbonilohidratado, el cual es estabilizado porque el par de electrones sobre el oxígeno puede acomodarse en la posición 5 de coordinación del Zinc. Ahora el GLU270 hace la función de ácido protonando a la amina,casi inmediatamente hace funciones de base al desprotonar al hidrato y vuelve a perder este protón con la amina.
Los productos son liberados y es razonable asumir que la salida del carboxilato...