Medicina genomica

Análisis de la diversidad genómica en las poblaciones mestizas mexicanas para desarrollar medicina genómica en México
Irma Silva-Zolezzi, Alfredo Hidalgo Miranda, Jesús Estrada Gil, Juan Carlos Fernández López, Laura Uribe Figueroa, Alejandra Contreras, Eros Balam Ortiz, Laura del Bosque Plata, César Lara, David Velázquez Fernández, Rodrigo Goya, Enrique Hernández Lemus, Carlos Dávila,Eduardo Barrientos, Santiago March, Gerardo Jiménez-Sánchez2
Instituto Nacional de Medicina Genómica, Periférico Sur No. 4124, Torre Zafiro II, 6to. Piso, Col. Jardines del Pedregal, México D.F. 01900, México Communicated by Eric S. Lander, The Broad Institute

México está desarrollando las bases para la medicina genómica con el fin de mejorar el cuidado de la salud de su población. El estudio ampliode la diversidad genética y las estructuras de desequilibrio de ligamiento de diferentes poblaciones, ha hecho posible el desarrollo de estrategias de captura o “tagging” de variabilidad genética, así como de imputación de genotipos, para evaluar integralmente la variabilidad común en estudios de asociación en enfermedades comunes. Nosotros evaluamos el beneficio de un mapa de haplotipos mexicanopara la identificación de genes relacionados a enfermedades comunes en mexicanos. Con este objetivo se caracterizaron la diversidad genética, los patrones de LD y la proporción de haplotipos compartidos utilizando datos genómicos de mestizos mexicanos provenientes de regiones con diferente historia de mestizaje y distintas dinámicas poblacionales. La composición ancestral de los mestizos fueevaluada incluyendo datos de un grupo amerindio mexicano y del HapMap. Nuestros resultados apoyan la existencia de diferencias genéticas regionales en México que deben ser consideradas en el diseño y análisis de estudios de asociación. Adicionalmente, dan sustento al hecho de que un mapa de haplotipos de la población mestiza mexicana podría reducir el número de tag SNPs requerido para caracterizar lavariabilidad genética común en esta población. Este estudio es uno de los primeros esfuerzos de genotipificación amplia del genoma en una población de reciente mestizaje en América Latina .
mestizaje | variación genética | genética de población | captura de SNPs

M

ás de 560 millones de personas viven en los países de Latinoamérica y la Oficina de Censos de los Estados Unidos, estimó en 2007que la población latina en este país había alcanzado un total de 45.5 millones, posicionándola como el grupo minoritario más grande y de crecimiento más acelerado en los Estados Unidos. Al igual que otras poblaciones latinas, los mestizos mexicanos constituyen una población mestiza de reciente formación conformada principalmente por orígenes ancestrales amerindio y europeos, y en menor proporciónafricano. Aunque el tamaño y la diversidad de las poblaciones latinas plantean diversos y serios desafíos para los estudios genéticos (1), también representan un poderoso recurso para el análisis de las bases genéticas de enfermedades complejas (2). En los últimos cinco años, México se ha comprometido a desarrollar infraestructura humana y tecnológica para la genómica como parte del desarrollo deuna plataforma nacional de medicina genómica para mejorar la atención de la salud de la población Mexicana (3-6). Esta situación en conjunto con el hecho de que México tiene una población de ∼105 millones de habitantes que incluye más de 60 grupos amerindios y una historia compleja de mestizaje, convierten a México en un país ideal en dónde realizar análisis genómicos en enfermedades complejas.En la actualidad dos abordajes para la identificación de genes asociados a enfermedades complejas han sido exitosos: son los estudios de asociación de genoma completo y el mapeo por mestizaje (GWAS y AM, por sus siglas en inglés). El primero se basa en una eficiente captura (“tagging”) de polimorfismos de un sólo
www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0903045106

nucleótido (SNPs, por sus siglas en...