Medio ambiente

Evaluación y Optimización de la extracción y purificación del ADN
Procedimientos para muestras de suelo y sedimentos

Se compararon estadísticamente y se evaluó la efectividad de los nueveprocedimientos de extracción de ADN mediante el uso de las muestras congeladas y secas de dos suelos franco limoso y franco limoso de sedimentos de los humedales con diferentes contenidos de materiaorgánica. Los efectos de extractantes químicos diferentes (sodio dodecil sulfato [SDS], cloroformo, Chelex fenol, 100, y el isotiocianato guanadinium), los diferentes métodos de interrupción física(homogeneización de bolas molino y la lisis de congelación y descongelación), y la digestión de la lisozima fueron evaluados en función del rendimiento y el tamaño molecular del ADN recuperado. Lascomparaciones por pares de los nueve procedimientos de extracción reveló que la homogeneización molino de perlas con SDS combinado con cloroformo o fenol optimizado tanto la cantidad de ADN extraído y eltamaño molecular del ADN (el tamaño máximo, de 16 a 20 kb). Ni la digestión antes de la lisozima SDS ni el tratamiento de guanidina isotiocianato ni la adición de resina Chelex 100 mejora los rendimientosde ADN. Homogeneización molino de bolas en una mezcla de lisis que contiene cloroformo, SDS, NaCl, y el fosfato-Tris (pH 8) se encontró que la mejor técnica de lisis de ADN cuando el rendimientofísico y la eficiencia de la lisis celular se utilizaron como criterios. Las condiciones de molino de bolas homogeneización se han optimizado también para la velocidad y la duración de doshomogeneizadores diferentes. La recuperación de alto peso molecular del ADN fue mayor cuando se utilizan velocidades más bajas y tiempos más cortos (30 a 120 s). Se evaluaron cuatro métodos diferentes depurificación de ADN (a base de sílice de unión al ADN, la electroforesis en gel de agarosa, la precipitación de acetato de amonio, y Sephadex G-200 de filtración en gel) para la recuperación de ADN y la...