Microarrays

BT4007 – Bioinformática – Postgrado - Dr. Víctor Treviño
Actividad de Investigación |
Nombre de la actividad | Interacciones de Genes/Proteínas/Metabolitos |
Tema/subtemas | 1.1 Uso de HGNC,NCBI/Gene Entrez, UniProt, UniGene, Ensembl1.2 Obtener Secuencias de genes1.3 Genes relacionados |
Objetivo de aprendizaje | Conocer las bases de datos de genes. |
Tiempo estimado | 1 Hora 30minutos dentro del aula 1 Hora fuera del aula |
Instrucciones | Primera fase. Dentro del Aula. Individual o en ParejasBusque información en los sitios sobre interacción, pathways y genes vistos en clase yreporte la información que se pide y la fuente (sitio, página y sección). 1. Ids y Nombres y fecha de última actualización de los mapas involucrados con el gen GAPDH en las siguientes bases dedatos a. KEGG b. Reactome c. BioCarta d. Otro sitio de su elección según Bioinformatics Links Directory e. Otro sitio de su elección según PathGuide 2. Cuales son el/los genesanteriores a la cascada para cada vía/red 3. Cuales son el/los genes siguientes a la cascada para cada via/red 4. Discuta y comente, tienen sentido el gen en las vías y tiene sentido los vecinosde éste 5. Con que proteínas tiene interacción física 6. Compare y discuta sobre la interacción física vs la co-citación de PubGene u otra herramientaElabore un reporte con un resumen de losresultados y la metodología usada. Puede pegar algunas gráficas. Haga comentarios.Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios: 1. Breve y consiso 2. Incluya la metodología (sitio, y consulta)3. Individual o por Pareja 4. La entrega es al inicio de la siguiente claseSegunda fase. Fuera del Aula.Busque la misma información pero para un gen de su elección que esté relacionado con suproyecto de grado.Elabore un reporte con un resumen de los resultados y la metodología usada. Pegue algunas gráficas. Haga comentarios.Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios: 1. Breve y...