MMFF94

MMFF94 Validación suite
(Revisado, junio de 1999)
Dr. Simon Kearsley
Merck y Co., Inc.
La construcción de 50SW-100
PO Box 2000
Rahway, NJ 07065
--------------
Teléfono: 732-594-3656
Fax: 732-594-4224
E-Mail: skk@merck.com
Las moléculas de ensayo para este conjunto de validación consisten de 698 estructuras derivadas de la Cambridge Structural Database mantenida por el Centro de DatosCristalográfica Cambridge (que amablemente dio permiso para su uso), además de 63 estructuras adicionales para las pequeñas moléculas e iones, para un total de 761. Los nativos de las estructuras CDS fueron modificados mediante la asignación de enlaces simples y múltiples, la colocación de cargas iónicas formales en su caso, y la adición de átomos de hidrógeno para completar la valencia. Lasestructuras resultantes se minimiza a un gradiente de rms de 0.000001 kcal / mol / A en la superficie de energía MMFF94, y fueron sistemáticamente distorsionada y volver a reducirse al mínimo, y luego distorsionada y volver a minimizar de nuevo.Los pasos de distorsión / re-minimizaton fueron tomadas para reducir la probabilidad de que cualquier conformación final representa un mínimo local muy pocoprofunda en la superficie MMFF94, como un optimizador molecular-mecánica posiblemente podría convertir una conformación a un mínimo local diferente y falsamente implican un problema con la aplicación de MMFF94 se está probando.
El conjunto de validación se construyó para poner a prueba todas las entradas en el archivo * MMFF. Archivos PAR parámetros, así como todos los procedimientos de losparámetros por defecto y empíricos en reglas. Los últimos ocho de los 63 estructuras adicionales mencionadas se añadieron en noviembre de 1998 en una revisión anterior, que también corrigió los MMFF94 resultados para ocho miembros de la suite original - es decir, para estructuras CEWYIM30, DAKCEX, FAPLUD, GIGCEE, KEPKIZ, SAKGUG, TAPJUP , y VEWZOM. Nombrado por ERULE_01 ERULE_08, estas estructuras sonfragmentos de estructuras CDS que han sido elegidos para probar más a fondo las reglas MMFF94 empírico-los procedimientos de generación de parámetros que hicieron los miembros originales de la serie (ver más abajo).
Esta revisión reemplaza a Tom Halgren con Kearsley Simon como la persona de contacto de Merck, Tom se ha trasladado a Schrodinger, Inc. el 1 de junio de 1999 (E-mail:halgren@schrodinger.com). También especifica el radio covalente atómica usada en la ecuación. (18) de ref. 5 (la referencia al origen de los radios pueden haber sido incompleta) y listas de electronegatividades de Pauling que se utilizarían en la ecuación (16) (Ver datos auxiliares a continuación).
Los MMFF94 archivos de parámetros se puede acceder a través de un navegador de Internet en http://journals.wiley.com(seleccione "Diario de la Química Computacional", luego "Material complementario", y luego "Volume 17", entonces el hipervínculo de la página 490) o en ftp://ftp.wiley.com/public/journals/jcc/suppmat/17/490. Los archivos de parámetros también se puede acceder por ftp a anonymous@ftp.wiley.com; cd para public/journals/jcc/suppmat/17/490.
Además de los archivos de entrada de la estructura molecular yauxiliares de datos, el conjunto de validación proporciona los archivos de salida de equipo se ejecuta realiza mediante Optimol Merck molecular mechanicsprogram y BatchMin 5.5 de Columbia University. 
Nota: algunos archivos son bastante grandes. Antes de descargar, es posible que desee comprobar los tamaños que se indican al final de este documento. Puede que desee recuperar la achive tarcomprimido de estos archivos, MMFF94.tar.gz (6,07 MBytes), y descomprimirlo al dar el siguiente comando de UNIX :
gunzip-c MMFF94.tar.gz | tar xvof -


Datos de entrada
Los siguientes archivos incluyen los datos de entrada molecular structure:
MMFF94_dative.mol2
MMFF94_hypervalent.mol2
MMFF94.mmd (representación hipervalente solamente)
Dos formatos están disponibles: MOL2, de Tripos,...