Modelamiento De Biomoleculas

INTRODUCCION

MODELAMIENTO DE BIOMOLECULAS: es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas de informática  para modelar o imitar el comportamiento de diferentes moléculas.  
biología computacional y ciencia de materiales para el estudio de sistemas mo0leculares que abarcan desde pequeños sistemas químicos a grandes moléculas biológicas.

CHEMSKETCH: chem sketch” es un programade computador gratuito y fácil de utilizar, que docentes y estudiantes pueden descargar de internet y emplear para construir ecuaciones químicas, estructuras moleculares y diagramas de laboratorio. 

chemsketch dibuja las estructuras de todas las fórmulas químicas posibles para facilitar el aprendizaje. la interfaz de chemsketch se ha diseñado como medio de presentación claro y analítico de lascomposiciones químicas. así, se puede explicar interactivamente el proceso de formación de las diferentes estructuras orgánicas e inorgánicas.

el programa cuenta con varias herramientas para el dibujo en dos y tres dimensiones, accesos directos a toda la información de la tabla periódica de elementos, tabla de radicales y plantillas con estructuras comunes como la de los alcaloides,carbohidratos, azúcares etc. todos estos datos son directamente exportables a la interfaz gráfica. en definitiva, se trata de una completa herramienta con la que facilitar el aprendizaje de la química a estudiantes de cualquier nivel.

EXPASY: acceso a base de datos de secuencias de proteínas como uniprot knowledgebase (swisss-PROT Y TREMBL) y enzime un repositorio de información relativa  a lanomenclatura de enzimas . basada principalmente en las recomendaciones de la (IUBMB) International Unión of Biochemistry Moléculas Biology ( UNION INTERNACIONAL DE BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAS) y describe cada tipo de enzima caracterizado para la que se otorga un numero EC
(ENZYME COMMISSION).

* Dibuje las estructuras de los aminoácidos: alanina, glutamato y lisina. Modele las estructuras en 3D.Haga el ejercicio átomo por átomo.

Alanina



GLUTAMATO






LISINA



2. PEPTIDOS Y PROTEINAS

Investigue la secuencia de residuos de aminoácidos de la angiotensina I y angiotensina II. Empleando el programa ChemSketch dibuje las estructuras y Modélelas en 3D, utilizando
la lista de aminoácidos del software.ANGIOTENSINA | :

H2N-Asp–Arg–Val–Tyr–Ile–His–Pro–Phe–His–Leu–COOH

ANGIOTENSINA||
H2N-Asp–Arg–Val–Tyr–Ile–His–Pro–Phe–COOH

a.Calcule el punto isoeléctrico de los dos péptidos anteriores manualmente y con ayuda de un programa como http://web.expasy.org/compute_pi/o (http://web.expasy.org/protparam/ .Compare los resultados obtenidos. Diga si se pueden separar en una electroforesis y bajo quécondiciones.

* Punto isoeléctrico angiotensina

DRVYIHPFHL= 10
TEORICO Pi/Pm: 6.92 / 1296.49=5.337*10-3

* Punto isoeléctrico angiotensina 2
DRVYIHPF=08
TEORICO Pi/Pm: 6.74 / 1046.19=6.442*10-3

* Dibuje y modele los péptidos resultantes usando ChemSketch. Calcule el punto isoeléctrico de cada péptido y compárelo con el obtenido con el programa (http://web.expasy.org/compute_pi/o
http://web.expasy.org/protparam/) .

* Haga la digestión de forma manual de los péptidos anteriores con quimiotripsina y tripsina. Compare los resultados con los cortes obtenidos con el programa: http://web.expasy.org/peptide_cutter/

* SECUENCIA 1

5’3’ FRAME 1
CYFQNCPRG

* PUNTO ISOELECTRICO
CYFQNCPRG
TEORICO Pi/Pm: 8.06 / 1087.24=7.41*10-3

*DIGESTION QUIMIOTRIPSINA

Tryps
Ch_lo |
Ch_lo||

|| |
CYFQNCPRG
1------------9

* SECUENCIA 2:

5’3’ FRAME 1
CYIQNCPG

* PUNTO ISOELECTRICO 2:
CYIQNCPG
TEORICO Pi/Pm: 5.51 / 897.03 =6.142*10-3

* DIGESTION CON TRIPSINA:

Ch_lo

|
CYIQNCPG
1----------8

* Enlace las secuencias a y b, a través de un puente de disulfuro usando...