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La inmunodeficiencia es un estado patológico en el que el sistema inmune no cumple con el papel de protección que le corresponde dejando al organismo vulnerable a la infección. Lasinmunodeficiencias causan a las personas afectadas una gran susceptibilidad a padecer infecciones y una mayor prevalencia de cáncer.
El sistema inmune humano se puede alterar. Las alergias, comola fiebre del heno, son comunes y derivan de una reacción inmune excesiva frente a lo que suele considerarse una sustancia inofensiva. Las alergias extremas pueden ocasionar anafilaxis,una extraña enfermedad que puede ser mortal. A veces, el sistema inmune reacciona de forma incorrecta, más que exagerada y crea anticuerpos contra sus propias células, esto se le llamaautoinmunidad. Aunque correctas, las respuestas inmunes a tejidos y órganos trasplantados son indeseables, por eso se toman medicinas durante largo tiempo, para evitar que el sistema inmunerechace los trasplantes.
El sistema inmunitario está compuesto por el tejido linfoide del organismo, e incluye:

La médula ósea
Los ganglios linfáticos
Partes del bazo y del tubo digestivoEl timo
Las amígdalas
Hay proteínas y células en la sangre que también son parte del sistema inmunitario.
El sistema inmunitario ayuda a proteger al organismo de sustancias dañinas,llamadas antígenos. Ejemplos de antígenos son, entre otros: bacterias, virus, toxinas, células cancerígenas y la sangre o los tejidos extraños de otra persona o especie
Cuando el sistemainmunitario detecta un antígeno, responde produciendo proteínas llamadas anticuerpos, que destruyen las sustancias dañinas. La respuesta del sistema inmunitario también involucra un procesollamado fagocitosis, durante el cual algunos glóbulos blancos ingieren y destruyen bacterias y otras sustancias extrañas. Las proteínas llamadas "complementos" ayudan en este proceso.