Métodos avanzados moleculares




FACULTAD DE CIENCIAS

ESCUELA DE CIENCIAS QUIMICAS
INGENIERÍA EN
BIOTECNOLOGÍA AMBIENTAL


ASIGNATURA: MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL

DOCENTE: ING. PAOLA CHILUIZA

MÉTODOS MOLECULARES AVANZADOS PARA LA DETECCIÓN DE COMUNIDADES MICROBIANAS


ALUMNO: XAVIER PERALTA B. Cod. 2212



5to Nivel
Paralelo “A”

PERIODO
OCTUBRE 2014-MARZO 2015

1. TEMA: “Métodosmoleculares avanzados para la detección de comunidades microbianas”

2. OBJETIVOS:

2.1. OBJETIVO GENERAL:
Investigar sobre los métodos avanzados moleculares para la detección de comunidades microbianas.

2.2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS
Conocer los métodos avanzados moleculares que podrían ser aplicados dentro de nuestra área de estudio.
Analizar los métodos avanzados moleculares para ladetección de comunidades microbianas más importantes para el campo biotecnológico.

3. MARCO TEÓRICO

PFLA (Phospholipid Fatty Acid Analysis)
En todos los microorganismos encontramos fosfolípidos exclusivamente en las membranas celulares. Las cuales pueden ser degradadas fácilmente dejando libre el componente fosfolipídico. Los fosfolípidos de las membranas son indicadores importantes de la biomasamicrobiana activa y además se ha encontrado que existen lípidos únicos en grupos específicos de organismos, por lo que este análisis ha sido usado para determinar la diversidad y abundancia microbianas, (15) (16). El PFLA requiere que la muestra ambiental de estudio sea analizada cuantitativamente por cromatografía de gases (GC) y espectrometría de masas (MS), lo que genera datos sobre lapresencia y abundancia de diferentes fosfolípidos, (17) (18). Los datos obtenidos sobre los ácidos grasos de las muestras pueden ser comparados con bases de datos públicas, (18), lo que permite la asociación de ciertos PFLA´s con organismos o grupos específicos. Diferencias en los patrones de PFLA pueden ser interpretadas en relación a cambios en la composición de las comunidades. Este método ha sidoutilizado con éxito en estudios que demuestran cambios grandes en comunidades microbianas asociadas a prácticas de manejo de suelos. (19) (20)
A pesar de la utilidad de este método de análisis existen algunas limitaciones importantes. (21) La primera es que no se conocen los patrones de ácidos grasos para todos los organismos, por lo que los datos obtenidos de muchas muestras no puedenrelacionarse con algún grupo de microorganismos. La segunda limitación es que los patrones de ácidos grasos son muy susceptibles a cambios no necesariamente debidos a la composición de la comunidad, por lo que pueden obtenerse patrones falsos que originen interpretaciones incorrectas. La tercera limitación es que bacterias y hongos producen diferentes cantidades de ácidos grasos dependiendo de lascondiciones de crecimiento o estrés, por lo que a pesar de que los patrones de PFLA puedan correlacionarse con la presencia de algunos organismos, esto no significa necesariamente que esos patrones sean únicos para esos grupos en todas las condiciones.
 Técnicas basadas en ácidos nucleicos
De entre todas las moléculas probadas hasta ahora, los ácidos nucleicos han demostrado ser las moléculas másútiles, pues han contribuido con una nueva perspectiva y entendimiento sobre la estructura de las comunidades. Una de las principales ventajas asociadas a los métodos moleculares con ácidos nucleicos es que puede analizarse a la comunidad microbiana en su totalidad, incluyendo a aquellos organismos que no han podido ser cultivados en el laboratorio. Es por ello que estos métodos se han vuelto cada vezmás importantes en la ecología microbiana. (22) (23) (24) (25) Aún los análisis de baja resolución y amplia escala, como la reasociación de DNA, permiten la determinación una aproximación de la diversidad genética total de la comunidad bacteriana. (26)
La electroforesis de productos de PCR de genes de rRNA en geles desnaturalizantes de gradiente (DGGE) permite tener mayor resolución y provee...