Nanoparticulas

Molden en Linux
Nestor Aguirre Ismael Ortiz Verano*
Johan Fabian Galindo Cruz Grupo de Qu´ ımica Te´rica o Universidad Nacional de Colombia ´ Ultima actualizaci´n: Diciembre de 2008 o

Molden es uno de tantos programas pre y post procesadores de estructura electr´nica y molecular. Molden o es un prograna eficiente en la construcci´n de las mol´culas empleando coordenadas internas, para ellocuenta o e con un poderoso editor de matriz de Z que dan un control total sobre la geometr´ y le permite construir ıa mol´culas a partir de cero, incluidos los polip´ptidos. Adem´s, lee toda la informaci´n necesaria de los archie e a o vos de salida de GAMESS y Gaussian, as´ como es un programa eficiente en la construcci´n de las mol´culas ı o e empleando coordenadas internas. Molden gr´fica planos delos orbitales moleculares, as´ como la densidad a ı electr´nica y densidad molecular; pero no es capza de visualizar las densidades at´micas, pues tanto la densio o dad at´mica esf´ricamente promediada o la densidad at´mica del estado basal pueden ser extraidas para un o e o n´mero de bases est´ndar. Molden soporta curvas de contorno, gr´ficas de rejillas 3-d con l´ u a a ıneas ocultas y unacombinaci´n de ambos. Puede generar una variedad de formatos gr´ficos como postscript, XWindows, VRML, o a povray, OpenGL, tekronix4014, HPGL, hp2392 y Figure. Tambi´n puede generar animaciones de caminos de e reacci´n y de los diferentes modos vibracionales moleculares. Se puede calcular y mostrar el potencial eleco trost´tico verdadero o derivado multipolar, as´ como las cargas at´micas pueden serfijadas sobre el potencial a ı o electrost´tico calculado sobre una superficie can´nica. a o Aunque el uso de Molden es bastante simple, este tutorial est´ dirigido a personas que hasta ahora est´n a a incursionando en el mundo de la qu´ ımica cu´ntica computacional. Este tutorial incluye: la manera de descargar a Molden para Linux, su instalaci´n, una peque˜a configuraci´n que simplemente facilita m´slas cosas y un o n o a peque˜o ejemplo de su utilizaci´n. Este tutorial fue desarrollado para el curso de Qu´ n o ımica Te´rica III de la o Universidad Nacional de Colombia y ahora es empleado como gu´ en el curso de Qu´ ıa ımica Computacional de la Universidad de los Andes, por lo tanto, est´ continuamente en actualizaci´n y si encuentra alg´n error a o u de tipo ortogr´fico, gramatical, entreotros, por favor reportelo enviando su descripci´n al correo electr´nico a o o jfgalindoc@unal.edu.co.

Descarga de Molden para Linux
1. Ingrese a la siguiente direcci´n web o ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/bin/Linux 2. Haga click en el link molden4.7.linux1 . De esta manera bajar´ el ejecutable del programa. a 3. El archivo descargado es un binario (un archivo ejecutable), as´ que norequiere instalaci´n. ı o
* ieortizv@unal.edu.co 1 Ultima ´

versi´n disponible a la fecha de escritura de este manual o

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Ejecuci´n de Molden o
1. Lo primero que debe hacerse es darle permisos de ejecuci´n al archivo descargado. Para ello, en una o terminal (como xterm o konsole) navegue hasta el directorio en el cual est´ guardado el archivo que a descarg´, y ejecute lo siguiente: o $chmod +x molden4.7.linux 2. Para ejecutar el programa solamente hay que digitar el siguiente comando en la carpeta en la cual est´ guardado el archivo: a $ ./molden4.7.linux 3. (opcional) Si lo prefiere, copie o mueva el archivo molden4.7.linux a alg´n directorio contenido en la u variable PATH. Algunas versiones de Linux tienen un directorio bin en el home del usuario; si existe, copielo ah´ cree lacarpeta bin y adicionela a la variable PATH (en mi caso, es en /home/johan/bin). ı, $ echo $PATH /opt/intel/fc/current/bin:/opt/intel/cc/current/bin:/opt/intel/fc/curr ent/bin:/opt/intel/cc/current/bin:/home/johan/bin $ mv molden4.7.linux /home/johan/bin De esta manera podr´ ejecutar Molden desde cualquier directorio (sin necesidad del ./). a $ molden4.7.linux

Utilizaci´n de Molden o
A...