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Conquista de El Salvador (1524-1540)
Artículo principal: Conquista de El Salvador.


Escena del lienzo del Tlaxcala que muestra la entrada a Cuzcatlán por el ejército de Pedro de Alvarado acompañado de un ejército de indígenas tlaxcaltecas, nótese que los pipiles son representados de un modo más tosco (a comparación de los tlaxcaltecas) como bárbaros o Chichimecas
En 1520 la poblaciónindígena del territorio se redujo en un 50% debido a una epidemia de viruela que afecto a toda el área mesoamericana. El 31 de mayo de 1522 el español Andrés Niño, a la cabeza de una expedición, desembarcó en la isla de Meanguera en el (golfo de Fonseca); y posteriormente descubrió la bahía de Jiquilisco y la desembocadura del río Lempa. Descubriendo de esta manera el territorio salvadoreño.14Expedición de Pedro de Alvarado (junio - julio de 1524)
En junio de 1524, Pedro de Alvarado salió de la población de Iximché en el actual territorio de Guatemala para iniciar el proceso de conquista de Cuscatlán. Bajo su mando estaban unos 250 soldados españoles y unos 6,000 indígenas aliados, principalmente tlaxcaltecas. Luego de pasar por los poblados de Itzcuintepec, Atiepac, Tacuilula, Taxisco,Guazacapán, Chiquimulilla, Tzinacaután, Naucintlán y Paxco, llegó a las riberas occidentales del río Paz, y lo cruzó para internarse en los territorios pipiles.15
Luego de algunas leguas de camino llegó a una población de Mochizalco (hoy Nahuizalco), que Alvarado encontró desierta, debido a que sus habitantes la habían abandonado luego de enterarse de los atropellos que había realizado al otro lado delrío Paz. Luego continuó hasta la población de Acatepec que también había sido abandonada por sus habitantes.15
Alvarado continuó hacia el sur y llegó a la población de Acaxual (Acajutla); al continuar, se encontró a media legua del pueblo con el ejército pipil, entablándose una cruenta batalla. El mismo Alvarado fue alcanzado con una flecha en el fémur, quedando herido de gravedad.15
Luego dela batalla, Alvarado realizó un repliegue para curar a los heridos, permaneciendo unos cinco días en Acaxual. A pesar de la gravedad de su herida, que le obligaba a permanecer en la retaguardia, marchó contra el poblado de Tacuzcalco (hoy Nahulingo), que se encontraba situado al sur de la actual ciudad de Sonsonate; allí se entabló una desigual batalla con enormes pérdidas para el ejército pipil.Los españoles descansaron un par de días y continuaron hacia Miahuatán, que encontraron desierta.15
Al llegar a la población de Atehuan (actualmente Ateos, La Libertad) recibió mensajeros que traían una declaración de paz de los Señores de Cuscatlán; sin embargo Alvarado avanzó hacia la ciudad de Cuscatlán y encontrándola desierta. Parece ser que en julio de 1524, Alvarado regresó a Guatemaladebido a las condiciones climatológicas.15
La historia de la expedición liderada por Pedro de Alvarado al territorio del Señorío de Cuzcatlán (descrita anteriormente) fue narrada por el mismo Pedro de Alvarado en su Segunda Carta de Relación enviada a Hernán Cortés. Además de este documento existen otros como: el Lienzo de Tlaxcala y la Brevísima relación de la destrucción de las Indias. En el Lienzode Tlaxcala, los indígenas tlaxcaltecas que acompañaron al ejército de Pedro de Alvarado narran además dentro de la campaña conquistadora del conquistador otras batallas ocurridas dentro del territorio actual de El Salvador las cuales son: las batallas de Cenzonapan (el mismo lugar donde posteriormente se fundaría Sonsonate), Tecpan Izalco, Yopicalco (Opico) y Xilopango (Ilopango).15 En cambio laBrevísima relación de la destrucción de las Indias (escrita por Fray Bartolomé de las Casas) narra una versión más conquistadora por parte de los españoles que pacífica.16
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