Next Generation Sequencing

Secuenciación: Metodos y técnicas para determinar el orden de una cadena biológica.
Método Maxam-Guilbert: 70´s, primer método usado para secuenciación. Manual con inspecciones visuales.Secuencias ~100 nucleótidos.
Método Sanger: En forma básica permite secuenciar fragmentos de ~500 nucleótidos. En los 90´s se automatiza el método lo cual permitió crear estrategias para secuenciar genomascompletos. El método automático hace lecturas de ~1200 nucleótidos. Surge una tercera generación de secuenciadores bajo el mismo principio en a finales de los 90s la cual permite leer ~2Mb por día.Secuenciación de Siguiente Generación
Secuencias aleatorias sobremuestreadas, más cortas que los secuenciadores capilares y cada tipo de lectura tiene un modelo de error único que difiere de losestablecidos por los secuenciadores capilares. La gran escala paralela de secuenciado implica también un análisis computacional masivo (Mardis, 2008). Las lecturas en NGS varían en un rango entre 400bpa los 100bp (Miller, 2010).
Plataformas principales de secuenciación
Roche 454: Usa pirosecuenciado
Illumina Genome Analyser: Usa “by-synthesis” de secuencias.
Applied Biosystems SOLiD Sequencer:Mismo principio que Illumina.
Helicos: Heliscope
Polonator
Otras aplicaciones son: Elucidar interacciones ADN-Proteína; secuenciación de transcirptoma – expresión génica; descubrimiento de ARN nocodificante; Análisis de genomas antiguos; caracterización de metagenomas.
Ensamblaje: Es la estructuración jerárquica de datos, la cual mapea la información derivada de una secuenciación a unareconstrucción putativa destino. (Miller, 2010)



Microarreglos: Permite analizar simultáneamente el nivel de expresión de genes bajo condiciones múltiples. Detectan presencia y abundancia de ácidosnucleicos etiquetados (mayormente mARNs) de una muestra biológica que se hibridara a al ADN presente en el panel). Secuencias plenamente caracterizadas.
En su mayoría, los ácidos nucleicos...