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Publicado: 27 de mayo de 2013
Teniendo en cuenta un subconjunto de recogida (n = 263), que era a la vez EGL-secuenciado y MLVA mecanografiadas, los índices de discriminación (HGDI) fueron siempre mayores
forMLVA tipificación de EGL para escribir (Tabla 5), en particular en filotipos IIA (0,940 vs 0,696) y IIB (0.858 frente a 0.501). Los differencewas particular golpear en "podredumbre parda"ecotipo, montaje sequevars 1, 25, 26 y 27 (0,774 vs 0,171).
4. Discusión
Análisis Multilocus VNTR ha convertido en un método popular de mecanografía para el control de la estructura de la oblación y la dinámica de los animales y poblaciones de patógenos bacterianos humanos, debido a varias ventajas:alta capacidad de discriminación, robustez, capacidad de repetición, entre laboratorios portabilidady velocidad (Pourcel et al, 2011;. Van Belkum, 2007; Vergnaud y Pourcel, 2006, 2009). Tal como se aplica a los agentes patógenos de plantas, ya que el primer esquema MLVA publicado en las poblaciones Xylella fastidiosa
(Coletta-Filho et al., 2001), esta técnica ha planteado creciente interés para escribir las poblaciones de gamma- roteobacteria: Xanthomonas citri patovares (Bui Thi Ngoc et al,2009a, b;.. Pruvost et al, 2011), X. oryzae pv. oryzicola (Zhao et al., 2012), y Pseudomonas syringae pv. Maculicola (Gironde y Manceau, 2012). Este estudio es la primera aproximación MLVA desarrollado para la escala fina genotipado de R. solanacearum poblaciones. R. solanacearum poblaciones genotipificación se realizó previamente con marcadores RAPD (Grover et al, 2006), rep-PCR (Ivey et al,2007;... Ramsubhag et al, 2012) y AFLP (Cruz et al, 2012;. Poussier, 2000. Poussier et al, 2000b). Estos técnicas, aunque polimórficos, presentan una baja movilidad entre laboratorios
[Neretti y Wicker, resultados no publicados de 2008; Roumagnac et al. (2007)]. Nos aprovechamos de la disponibilidad de varias completo secuencias del genoma para desarrollar esquemas de MLVA en la totalidad la diversidadconocida dentro del complejo de especies de R. solanacearum. La mayoría de los loci VNTR ensayados evolucionaron tras la mutación por pasos modelo, haciéndolos adecuados para futuros estudios de genética de poblaciones. También se encontró una relación significativa entre el tamaño del patrón y polimorfismo del locus, los patrones más pequeños (de 6 a 9 nt) siendo el más polimórfico. Estavariación se puede explicar por las limitaciones genómicas
desfavoreciendo de slowering la producción de grandes patrón se repite, que por el contrario podrían favorecer la flexibilidad de los patrones más pequeños. Sin embargo Se observaron algunas excepciones, considerando el alto polimorfismo de los loci de gran patrón RS4L26 y RS3L18 (12 y 18 nt, respectivamente). En general, nuestrosresultados también indican una fuerte relación entre la repetición número y la variabilidad alélica, lo que confirma las observaciones anteriores en Y. pestis (Klevytska et al., 2001). Estos resultados constituyen instrucciones valiosas para la selección de loci adicionales, en particular a maximizar el polimorfismo. En este estudio, el locus más polimórfico (RS1L09) presentó 27 diferentes alelos y lamáxima diversidad alélica total (H = 0.95), seguido por RS3L20 con 22 alelos. Estos loci pueden tener una alta mutación tasa o estar localizado en un genoma regionwhich se somete a la diversificación la presión de selección, como se observó en Francisella tularensis (Farlow et al., 2001). Los autores de este último estudio marcadores distinguidos con un alto índice discriminatorio para laidentificación de genéticamente cepas similares y marcadores con menor diversidad que son más útil en la identificación de especies, subespecies o biotipos. Para R. solanacearum, multiplex-PCR basados en the16S-23S región ITS (Fegan y Prior, 2005) y MLST (Wicker et al., 2012) siguen siendo los métodos de la opción para escribir en el nivel filotipo, mientras que en rápida evolución VNTR marcadores...
Teniendo en cuenta un subconjunto de recogida (n = 263), que era a la vez EGL-secuenciado y MLVA mecanografiadas, los índices de discriminación (HGDI) fueron siempre mayores
forMLVA tipificación de EGL para escribir (Tabla 5), en particular en filotipos IIA (0,940 vs 0,696) y IIB (0.858 frente a 0.501). Los differencewas particular golpear en "podredumbre parda"ecotipo, montaje sequevars 1, 25, 26 y 27 (0,774 vs 0,171).
4. Discusión
Análisis Multilocus VNTR ha convertido en un método popular de mecanografía para el control de la estructura de la oblación y la dinámica de los animales y poblaciones de patógenos bacterianos humanos, debido a varias ventajas:alta capacidad de discriminación, robustez, capacidad de repetición, entre laboratorios portabilidady velocidad (Pourcel et al, 2011;. Van Belkum, 2007; Vergnaud y Pourcel, 2006, 2009). Tal como se aplica a los agentes patógenos de plantas, ya que el primer esquema MLVA publicado en las poblaciones Xylella fastidiosa
(Coletta-Filho et al., 2001), esta técnica ha planteado creciente interés para escribir las poblaciones de gamma- roteobacteria: Xanthomonas citri patovares (Bui Thi Ngoc et al,2009a, b;.. Pruvost et al, 2011), X. oryzae pv. oryzicola (Zhao et al., 2012), y Pseudomonas syringae pv. Maculicola (Gironde y Manceau, 2012). Este estudio es la primera aproximación MLVA desarrollado para la escala fina genotipado de R. solanacearum poblaciones. R. solanacearum poblaciones genotipificación se realizó previamente con marcadores RAPD (Grover et al, 2006), rep-PCR (Ivey et al,2007;... Ramsubhag et al, 2012) y AFLP (Cruz et al, 2012;. Poussier, 2000. Poussier et al, 2000b). Estos técnicas, aunque polimórficos, presentan una baja movilidad entre laboratorios
[Neretti y Wicker, resultados no publicados de 2008; Roumagnac et al. (2007)]. Nos aprovechamos de la disponibilidad de varias completo secuencias del genoma para desarrollar esquemas de MLVA en la totalidad la diversidadconocida dentro del complejo de especies de R. solanacearum. La mayoría de los loci VNTR ensayados evolucionaron tras la mutación por pasos modelo, haciéndolos adecuados para futuros estudios de genética de poblaciones. También se encontró una relación significativa entre el tamaño del patrón y polimorfismo del locus, los patrones más pequeños (de 6 a 9 nt) siendo el más polimórfico. Estavariación se puede explicar por las limitaciones genómicas
desfavoreciendo de slowering la producción de grandes patrón se repite, que por el contrario podrían favorecer la flexibilidad de los patrones más pequeños. Sin embargo Se observaron algunas excepciones, considerando el alto polimorfismo de los loci de gran patrón RS4L26 y RS3L18 (12 y 18 nt, respectivamente). En general, nuestrosresultados también indican una fuerte relación entre la repetición número y la variabilidad alélica, lo que confirma las observaciones anteriores en Y. pestis (Klevytska et al., 2001). Estos resultados constituyen instrucciones valiosas para la selección de loci adicionales, en particular a maximizar el polimorfismo. En este estudio, el locus más polimórfico (RS1L09) presentó 27 diferentes alelos y lamáxima diversidad alélica total (H = 0.95), seguido por RS3L20 con 22 alelos. Estos loci pueden tener una alta mutación tasa o estar localizado en un genoma regionwhich se somete a la diversificación la presión de selección, como se observó en Francisella tularensis (Farlow et al., 2001). Los autores de este último estudio marcadores distinguidos con un alto índice discriminatorio para laidentificación de genéticamente cepas similares y marcadores con menor diversidad que son más útil en la identificación de especies, subespecies o biotipos. Para R. solanacearum, multiplex-PCR basados en the16S-23S región ITS (Fegan y Prior, 2005) y MLST (Wicker et al., 2012) siguen siendo los métodos de la opción para escribir en el nivel filotipo, mientras que en rápida evolución VNTR marcadores...
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