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La labor de Magendie, de Orfila y de muchos químicos, médicos y farmacéuticos continuó en la patria de Liebig, a pesar de la Naturphilosophie. El desacuerdo en torno al método quedó superado en la segunda mitad del siglo, periodo en el que se realizaron extraordinarios avances en las ciencias básicas de la medicina. En Alemania,justo a mitad del XIX, se fundaron los primeros institutos de farmacología que se convirtieron en el modelo para el resto de Europa. A Rudolf Buchheim (1820-1879), después de valorar sus trabajos en un laboratorio doméstico, se le fundó el primero con fondos estatales en Dorpart (en la actual Estonia); en sus instalaciones se estudiaron drogas como el cornezuelo de centeno, las sales potásicas, labelladona, el aceite de hígado de bacalao, el sulfato magnésico, etc. Buchheim se trasladó después a Giessen donde estaba todavía reciente el recuerdo de Liebig. Según Laín, su Lehrbuch der Arzneimittellehre, puede considerarse como un tratado de materia médica escrito desde las analogías químicas y farmacodinámicas de los medicamentos, lo que todavía no era habitual. Siguieron los institutos deMarburgo, dirigido por Karl P. Falck (1816-1880), y el Instituto de Berlín a cuya cabeza estuvo Mitscherlich (1805-1871), que se dedicó a investigar fármacos y venenos tales como el acetato de plomo, el sulfato de cobre, preparados de hierro, diuréticos, ácido oxálico, ácido cítrico, etc. En 1869 se creó el Instituto de Bonn, dirigido por Karl Binz (1832-1912), discípulo de figuras de tanto relievepara la medicina como Virchow y Frerich. Binz estudió las acciones de la quinina, el arsénico, los compuestos halogenados, algunos anestésicos, etc. Sus Grundzüge der Arzneimittellehre (1866) llegaron a alcanzar doce ediciones y sus Vorlesungen über Pharmakologie (1884) conocieron también un éxito notable. Al castellano se tradujeron su Materia médica y terapéutica, y un Resumen de Materia médicay terapéutica, ambos en 1878.
La labor de todos éstos fue continuada por Oswald Schmiedeberg (1834-1921), discípulo de Buchheim, quien sucedió a éste en 1869 y quien había estudiado fisiología experimental en Leipzig con el gran fisiológo Carl Ludwig. Sus trabajos más importantes los realizó en Estrasburgo, cuya Universidad ayudó a fundar. La capital alsaciana llegó a convertirse en la mecamundial de la farmacología, donde acudían a aprender todos los que deseaban estar al tanto de los progresos de la floreciente farmacología experimental.
Schmiedeberg combinó dos disciplinas: por una parte, la farmacología sensu stricto, y por otra, la fisiología y la fisiopatología experimental. A la primera pertenecen sus trabajos sobre el metabolismo del cloroformo, la muscarina, la nicotina y suacción sobre el corazón y su inervación vagal, la cafeína, los cuerpos purínicos y su acción sobre el músculo estriado. También pueden considerarse como excelentes los trabajos consagrados al estudio de la acción de los narcóticos y de los digitálicos. Introdujo los derivados de la urea y estableció las bases para un conocimiento preciso de la relación entre la composición química y la acciónbiológica de los fármacos. A este respecto es interesante resaltar dos de sus conceptos: la mutua acción molecular entre el fármaco y los componentes idóneos de las células donde actúa, y la atribución de un carácter estructural molécular a la definitiva actividad farmacológica de una sustancia química.
Toda esta ingente obra farmacológica fue recogida en el libro Grundriss der Arzneimitellehre (1883)que alcanzó siete ediciones hasta 1914, y en la revista Archiv für experimentelle Pathologie und Pharmakologie, editada por Klebs, Naunyn y Schmiedeberg. En el libro, Schiedeberg clasificó los medicamentos por su composición química y por su acción farmacodinámica, lo que era una completa novedad. La revista dio cabida a trabajos de farmacología, fisiología y fisiopatología experimentales.
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