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Sistema de dos Reinos: Históricamente, la primera organización en reinos se debe a Aristóteles (en el siglo IV A.C.) que diferencio todas las entidades vivas de la naturaleza en dos reinos como lo son Animal y Vegetal. El primero caracterizado por tener “Alma vegetativa” que le da producción, crecimiento y nutrición. El segundo tiene adicionalmente “Alma sensitiva” que le da además de lo anteriorpercepción, deseo y movimiento. Aristóteles sentó las bases del conocimiento sistemático, pues dividió el reino animal en dos géneros máximos: Anaima para los animales sin sangre (invertebrados) y enaima para los animales con sangre (vertebrados); y estos a su vez se dividían en géneros y especies.

Linneo también distinguió estos dos reinos de seres vivos y además trato a los minerales,colocándolos en un tercer reino, lapides. Además, introdujo la nomenclatura binomial para referir a las especies y dividió los reinos en clases, las clases en ordenes, las ordenes en familias, y las familias en géneros y los géneros en especies (la división de los reinos en filos se introdujo posteriormente).

Posteriormente, con la invención de la microscopìa apareció un nuevo mundo de investigaciónbiológica que cambiaría el concepto sobre los reinos. En la siguiente tabla se presenta una comparación de los sistemas de clasificación en reinos biológicos más notables.



Tres Reinos:
Ernst Haeckel en 1866 llamó al tercer reino Protista y lo definió como el "primordial", el reino de las formas primitivas e intermedio entre los reinos Animal y Plantae. Reconoció lo problemático de suclasificación por la presencia de caracteres animales, vegetales y mixtos, pero necesario para propósitos sistemáticos, antes que filogenéticos. Dentro de protista colocó a las bacterias en el filo Moneres. Fue el primero en distinguir entre organismos unicelulares (protistas) y pluricelulares (plantas y animales). En sucesivas publicaciones, Haeckel hizo correcciones a sus clasificaciones: porejemplo movió las esponjas del reino protista al animal, a los hongos del reino planta al protista, a las algas verdes-azuladas del reino planta al protista junto con las bacterias, los laberintúlidos de animal a protista y los volvocales de protista a planta.

Cuatro Reinos:
El concepto del tercer reino fue puesto en duda por Otto Bütschli en los años 1880, pues se consideró a Protista comopolifilético, especialmente por la inclusión de las bacterias. Poco a poco se puso de manifiesto la importancia de la distinción entre procariotas y eucariotas propuestas de Eduard Catón de 1925-1937 y se popularizó en los años 1950.
Herbert Copeland en sus publicaciones de 1938, 1947 y 1956, separa los protistas nucleados de las bacterias anucleadas en el sistema de cuatro reinos siguiente: Plantae (oMetaphyta), Animalia (o Metazoa), Protoctista (o Protista) y Mychota (o Monera) para las bacterias.
En 1948, los editores del Manual Bergey de Bacteriología Determinativa sugirieron llamar a al nuevo reino Protophyta, para incluir tanto a bacterias como a virus.

Cinco Reinos: Robert Whittaker reconoce el reino adicional de los hongos (Fungí). El resultado fue el sistema de los 5 reinos,propuesto en 1969, que se convirtió en un estándar muy popular y que, con algunas modificaciones, aún hoy se utiliza en muchas obras o constituye la base para nuevos sistemas propuestos. Se basa principalmente en las diferencias en materia de nutrición: Plantae son en su mayoría pluricelulares autótrofos, Animalia pluricelulares heterótrofos y Fungí pluricelulares saprofitos. Los otros dos reinos,Protista y Monera (procariotas), incluyen organismos unicelulares o coloniales.
Ante la posibilidad de que algunos de estos reinos pudieran no ser monofiléticos, Whittaker argüía: "La monofilia es un valor primordial en sistemática, pero al igual que otros valores, no es absoluto y no siempre se debe seguir si se sacrifican otros objetivos”.
Otros trabajos han apoyado este sistema de cinco reinos,...