origen celula eucariota

Hemos recogido un conjunto de 347 proteínas que se encuentran en las células eucariotas, pero no tienen homología significativa a las proteínas en las bacterias y Archaea. Nosotros llamamos a estas proteínas de la firma proteínas eucarióticas (ESP). La hipótesis dominante para la formación de la célula eucariota es que es una fusión de una arquea con una bacteria. Si se acepta esta hipótesis,entonces los tres dominios celulares, Eukarya, Archaea y Bacteria, colapsarían en dos dominios celulares. Hemos utilizado la existencia de este conjunto de ESP para poner a prueba esta hipótesis. La evidencia de los ESP implica una tercera celda (cronocito) en la formación de la célula eucariota. El cronocito tenía un citoesqueleto que le permitió a engullir las células procarióticas y un sistemacomplejo en el que la membrana interna se sintetizaron los lípidos y las proteínas.
También tenía un sistema de señalización interna complejo que implica iones de calcio, calmodulina, fosfatos de inositol, ubiquitina, ciclina, y las proteínas de unión a GTP. El núcleo se formó cuando un número de bacterias y arqueas se envolvió por un cronocito. Esta formación del núcleo sería restaurar los tresdominios celulares como cronocito no era una celula que pertenecía a la Archaea o las bacterias. Recientemente, Horiike et al. Propone que el núcleo eucariota se deriva de la simbiosis de Archaea en bacterias. Sus resultados se basaron en una búsqueda de homologías entre proteínas que se encuentran en el genoma de la levadura y las que se encuentran en los genomas de las bacterias y Archaea. Sinembargo, el uso de homologías para determinar las relaciones entre las tres principales dominios celulares es engañosa debido a la extensa transferencia horizontal de genes entre las arqueas y las bacterias, así como entre Archaea, bacterias, y la Eukarya. Una alternativa a la búsqueda de homologías de proteínas en el estudio de la evolución de dominios celulares es la búsqueda de proteínas únicaspara un dominio con ninguna homología significativa a las proteínas en los otros dominios. Este enfoque ha sido utilizado por el grupo de Woese para buscar proteínas de la firma en arqueas que son únicos a la Archaea y que están ausentes de las bacterias y Eukarya. En este trabajo nos propusimos encontrar las proteínas de la firma que delinear el Eukarya desde el Archaea y Bacteria. Noscaracterizar el conjunto de la firma proteínas eucarióticas (ESP) como aquellas proteínas que tienen homólogos en todas las ramas principales de los eucariotas (animales, plantas, hongos y protozoos), pero no tenemos ningún ho-mologs en Archaea y Bacteria. Nuestro conjunto ESP se deriva de los genomas secuenciados completamente de Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans,Arabidopsis thali-ana y Giardia lamblia, y todos los 44 disponibles genomas completos de bacterias y arqueas en GenBank. Para obtener el conjunto ESP, partimos de la muestra completa de 6271 proteínas de levadura derivados de la secuencia del genoma de S. cerevisiae. Después de la eliminación de las proteínas que no tienen homólogos en los genomas de los D. melanogaster, C. elegans y A. thaliana, seobtuvo un conjunto de 2.136 proteínas. Al comparar este juego con todas las proteínas derivadas de los genomas completos de bacterias y Archaea y eliminar los que no tienen homólogos en Archaea y Bacteria o reducido la lista de proteínas eukaryote específicos 914. Sin embargo, como los hongos, plantas, nematodos e insectos son ramas finales en el árbol eucariota, comparamos estas proteínas 914con uno de los eucariotas más profundamente divergentes células-el protozoo G. lamblia. Las proteínas resultantes 347 llamamos ESP. Elegimos G. lamblia porque tanto el pequeño ARN ribosomal y una serie de proteínas han identificado esta célula como ser un eucariota muy temprano-divergente (4). La pérdida de alrededor de 567 proteínas como uno trae Giardia en la búsqueda de los ESP es causada por...