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Se involucró finalmente en la política y se interesó por los temas de esa época. Como subdirector del Diario Político de Santafé tomó parte en el levantamiento comunal del20 de julio de 1810. Condenó la brutal represión española de la Primera Junta Soberana de Quito. Se hizo partidario público de la independencia y más tarde entró como ingeniero militar al servicio delas fuerzas patriotas"
Fue el encargado de fortificar el rio Arauca y montar una fabricada de pólvora y de fusiles también. Luego de eso fue llamado por el entonces presidente y también su primoCamilo torres para que se pusiera en la tarea de crear una academia militar en Santa Fe para poder dar una educación militar buena para el ejército de este nuevo país.
francisco jose de caldas en LaExpedición logró como resultado el inventario de más de cinco mil especies de vegetales, insectos, aves, estudios climáticos y geográficos en los que participó el sabio Caldas, quien determinó lospisos térmicos e hizo una clasificación de los climas según la altitud. Sus diarios de estos viajes son valiosos documentos científicos e históricos, y se encuentran reunidos en el libro Viajes al corazónde Barnuevo. En 1806 regresó a Santafé, con un herbario y equipos astronómicos, para poner en marcha y dirigir el Observatorio Astronómico.
Caldas tomó parte en diversas expediciones científicas ,entre ellas la de Celestino Mutis y la de Humboldt. Recorrió gran parte del Nuevo Reino estudiando sus riquezas: clasificó las quinas, hizo un herbario de un gran volumen de plantas, midió bastantesalturas por medio del agua y del barómetro, hizo muchas observaciones meteorológicas, levantó varios mapas entre ellos el de Perú, trazando y señalando las cumbres andinas.
En 1805 Mutis confió aCaldas la dirección del Observatorio Astronómico. El ilustre payanés llevó a cabo trabajos de importancia, como el de haber montado los instrumentos obsequiados por el propio Mutis y por don José...
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