Poliproteina gag

La poli proteína GAG e segmentada en cuatro proteínas que se hayan en el virus maduro:  MA (matriz), CA (cápside), NC (nucleocápside), p6
La poli proteína POL es segmentada en: PR (proteasa), RT (transcriptasa inversa), IN (integrasa)
El gen ENV se traduce en una poli proteína (Gp160) que luego es segmentada por una proteasa de la célula huésped (llamada furina) que se encuentra en el Cuerpo deGolgi. No es segmentada por una proteasa codificada por el virus. La Gp160 es segmentada a: SU (Gp120) y TM (Gp41). Esta última retiene la parte transmembrana de la Gp160 mientras que la Gp120 permanece unida a la Gp41 mediante enlaces no covalentes.
Además de las nueve proteínas derivadas de GAG, POL y ENV, hay otras seis proteínas sintetizadas por el VIH. Tres de éstas son incorporadas alvirus (Vif, Vpr y Nef), mientras que otras no se encuentran en el virus maduro: Tat y Rev son proteína reguladoras y Vpu indirectamente ayuda en el ensamblaje. Los genes que codifican estas proteínas se conocen por sus nombres de tres letras derivados así:
TAT: Trans-Activadora de la Transcripción
REV: Reguladora de la expresión de las proteínas del Virión
NEF: Factor Regulador Negativo
VIF:Factor de Infectividad del Virión
VPU: Proteína Viral U
VPR: Viral Proteína R
Estaos genes codifican proteínas pequeñas; la TAT por ejemplo consiste de 88 amino ácidos. Estos se solapan con los genes estructurales (especialmente ENV) pero están en diferentes marcos de lectura. Del diagrama de arriba de la organización del genoma del VIH (figura 24), se puede ver que algunas se codifican en dosexones (a diferencia de los genes estructurales) y por tanto sus ARNm puede ser derivados mediante empalmes alternativos de los ARNm de los genes estructurales. Esto es un tanto importante para la forma que en los niveles de éstas son controlados. Los mutantes en los genes TAT y REV muestran que ambas proteínas son necesarias para la producción del virus.
TAT
El producto del gen TAT se une a unasecuencia en todos los genes del VIH y estimula positivamente la transcripción. Por tanto es un regulador positivo de la síntesis proteica, incluyendo su propia síntesis.
REV
REV se une a un elemento sólo en el ARNm de proteínas estructurales (GAG/POL/ENV) y regula el radio de GAG/POL/ENV a proteínas no estructurales controladoras de la síntesis proteica (TAT/REV). Cuando los niveles de REV sonaltos, la síntesis de proteínas estructurales aumenta y la síntesis de proteínas controladoras disminuye. Por tanto, la REV inhibe su propia producción y la de la TAT.
El resultado normal es la homeostasis, baja o ninguna producción viral y latencia en las células CD4 de reposo.
Hay un problema inherente en el estilo de vida del VIH. Este utiliza  ARN genómico como su ARN mensajero. Este ARNno está empalmado y el núcleo posee un mecanismo que impide a los ARNm no empalmados salir del mismo y ser traducidos. Es trabajo del Rev el superar este problema.
NEF
La proteína Nef es sintetizada en etapas tempranas de la infección. A pesar de su pequeño tamaño la NEF tiene varias funciones.
a) La homeostasis implica problemas para el pro virus parasítico: 
i) Sobre-infección por otraspartículas del VIH que se unen a los antígenos CD4 de superficie y pueden eliminar la célula. 
ii) Probablemente más importante, el virus unido mediante el antígeno CD4 en la superficie celular o la Gp120 unida al antígeno CD4 puede dar como consecuencia que la célula sea sujeta a un ataque inmune y sea destruida.
La traducción del gen NEF como resultado del primer virus infectante causa laintegración del antígeno CD4 de la superficie celular y su destrucción en lisosomas (figura 25). Por tanto ¡ningún VIH ni ninguna gp120 pueden unirse a la superficie de una célula infectada! 
b) Por un mecanismo diferente de su regulación a la baja del antígeno CD4, la proteína NEF reduce la expresión de las moléculas CMH de clase I en la superficie. Esto altera la presentación antigénica de la célula...