Practica 2 Genetica



En la imagen se muestra los resultados de la electroforesis de un plásmido al que se le han realizado una serie de digestiones sencillas (RsaI, PvuII y BglI) y dobles (combinaciones de las anteriores).
A partir de la misma, debemos realizar una tabla en la que se indique la distancia que migra cada banda marcador en cm, para la posterior realización de una gráfica que nos sirva de orientaciónpara estimar los pares de bases de las bandas incógnitas de las digestiones.























Los datos en rojo son lo que hemos tenido que calcular

A partir de la tabla, debemos realizar una representación gráfica, en la cual el eje de abscisas corresponde a la distancia migrada y el deordenadas al logaritmo en base 10:




Ahora debemos rellenar los datos de otra tabla. En ella, primero debemos medir con una regla las distancias que han recorrido las distintas bandas resultantes de las digestiones. A partir de estas distancias, podemos estimar los pares de bases de los plásmidos que migran esa distancia gracias a la recta patrón que hemos realizado anteriormente (lo haremosacudiendo a la recta patrón, viendo cual es el logaritmo en base 10 que corresponde a la distancia, y haciendo el logaritmo inverso de dicho valor).
Por último, también debemos hacer una estimación de los pares de bases de estos plásmidos mediante un programa informático (DNAFRAG), que lo calculará con mayor exactitud y rapidez.
Los resultados son:


Banda problema
Migración (cm)
Estimacón por rectapatrón (pb)
Estimación DNAFRAG (pb)
Tamaño real (pb)
Tamaño real ajustado (Kb)
RsaI-1
5,85
1905,46
1782,82
1769
1,75
RsaI-2
7
1230,27
1214,043
1189
1,25
PvuII-1
4,85
2691,53
2528,98
2513
2,50
PvuII-2
9,55
467,74
475,553
445
0,50
BglI-1
5,95
1778,28
1723,62
1691
1,70
BglI-2
6,8
1288,25
1297,75
1267
1,30
PvuII + RsaI-1
6,4
1513,56
1482,54
1549
1,50
PvuII + RsaI-2
7,7
954,99
958,33
964
1,00
PvuII +RsaI-3
10,9
288,40
232,951
225
0,25
PvuII + BglI-1
6,8
1288,25
1297,75
1267
1,30
PvuII + BglI-2
7
1230,27
1214,043
1189
1,20
PvuII + BglI-3
9,5
478,63
485,955
445
0,50
BglI + RsaI-1
6,65
1380,38
1364,174
1409
1,45
BglI + RsaI-2
7,85
891,25
909,976
907
1,00
BglI + RsaI-3
10
398,11
386,924
360
0,30
BglI + RsaI-4
10,5
331,13
297,920
282
0,25
Los datos en rojo son lo que hemos tenido que calcular


Comovemos, nuestra estimación a partir de la recta patrón no está muy alejada del tamaño real de las bandas problemas. Con el programa informático se consigue mayor exactitud, pero la nuestra es bastante aproximada también.
La última columna nos muestra el tamaño real ajustado. Con estos datos debemos realizar un mapa de restricción del plásmido que estamos estudiando. En dicho mapa, deben mostrarselos lugares donde actúan las enzimas digestivas con las que el plásmido ha sido tratado, y la distancia que hay entre unos cortes y otros.
Lo primero que debemos tener en cuenta es que el tamaño total del plásmido es de 3 Kb, puesto que si nos fijamos en las digestiones, todas suman dicho tamaño. Por ejemplo, la enzima RsaI corta al plásmido en dos fragmentos, uno de 1,75 Kb y otro de 1,25 Kb. Lasuma de dichos fragmentos es 3 Kb, por lo que el plásmido en cuestión debe medir dicho tamaño. Lo mismo ocurre si miramos el resto de digestiones, lo que además es un indicador, de que los cálculos están bien realizados (si en alguna digestión las distintas bandas no sumaran 3 Kb, probablemente se haya producido algún error).
Primero realizaremos los mapas de restricción de cada enzima ensolitario, para así luego ver cómo pueden coincidir unos mapas con otros para cumplir las características de las digestiones dobles.
Empezaremos entonces, prestando atención a la digestión que realiza la enzima RsaI, con la cual, como ya hemos mencionado, obtenemos dos fragmentos de ADN de distinto tamaño: uno de 1,75 Kb y otro de 1,25 Kb. De este modo, el mapa de restricción de dicha enzima es:...