practica.

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS
DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA
Laboratorio de Genómica Estructural y Comparativa





Práctica 4.

“Alineamiento múltiple de secuencias aminoacídicas y diseño de sondas.”







Larissa Maricela Contreras García
Grupo 452









A 20 de Marzo de 2013

INTRODUCCIÓN

Los alineamientos múltiples desecuencias (AMS o MSA en ingles), ya sean de nucleótidos o aminoácidos, son alineamientos de tres o más secuencias, que permiten localizar regiones conservadas entre las secuencias analizadas detectando probables sitios de homología, estos permiten develar información biológica, evolutiva. Su fin es lograr alinear las secuencias, permitiendo el máximo número de nucleótidos o aminoácidos coincidan,basándose en una función, llamada “scoring function”. Basándonos en la funcionalidad, el estudio de cualquier gen, nos llevara a realizar análisis de la proteína codificada por tal gen, alineándola contra bases de datos, permitiendo identificarla a través de homologías contra secuencias previamente reportadas en otros organismos, predecir su probable estructura y al alinearse con otros organismosnos puede proporcionar inferencias sobre las relaciones filogenéticas y su relación con la función en nuestro organismo en cuestión a través de la homología entre las secuencias. Estos alineamientos también son usados para detectar sitios de unión, sitios activo, o algunos otros sitios clave. Al analizar los alineamientos múltiples es necesario considerar diferentes aspectos de las secuenciascomo la identidad, similitud y homología. Identidad se refiere a la similitud de residuos de las secuencias en sus respectivas posiciones. La similitud se basa en tener una cantidad similar de residuos (nucleótidos o aminoácidos) que componen la secuencia. Lo cual conlleva a la homología, entre más similares sean las secuencias, más cercanos son, permitiendo encontrar ancestros comunes.

Encuestión de proteínas estos sitios que presentan alto grado de homología o conservación entre diversas especies, suelen ser los dominios funcionales de las mismas, desde aminoácidos individuales hasta estructuras secundarias o terciares, también llamadas regiones conservadas, que pueden ser explicadas debido a la función en común que comparten las secuencias analizadas y puede ser usadas ya sea paraencontrar relaciones evolutivas, mutaciones de diversos tipos, ya sean inserciones o supresiones de regiones, también llamados “indels” y hasta mutaciones puntuales. Estos dominios, identificados en secuencias anotadas, pueden ser usados para realizar alineamientos en secuencias no anotadas, permitiendo su identificación.


OBJETIVO

* Determinar la región conservada de la proteína enestudio, mediante un alineamiento múltiple de diferentes secuencias de la proteína, perteneciente a organismos diversos.
* Mediante un árbol filogenético, determinar el grado de conservación de la proteína y sus funciones.

METODOLOGÍA

1. Realizar búsqueda de la secuencia de Chitin synthase 6 en el NCBI.
2. Realizar un blast y analizar que organismos contienen esta proteína.
3. Seleccionarmínimo 5 de esos organismos del reino Fungi y realizar un alineamiento de estas secuencias.
4. Obtener la secuencia consenso
5. Localizar las regiones conservadas y seleccionar de que tamaño será nuestra sonda.
6. Al tener nuestra sonda predeterminada se realizara un blast, con cada uno de las divisiones del reino Fungi
7. Realizar el alineamiento que fue solicitado en esta práctica y el árbolfilogenético.










RESULTADOS
Se desea analizar el grado de conservación de la proteína Chitin synthase 6 en 35 organismos del Reino de los Hongo. Para realizarlo se necesita localizar los probables homólogos de esta proteína en diversos integrantes de 5 divisiones de los hongos (Ejemplo XP_759199.1).

1. Diseña una sonda de aminoácidos, tomando como base mínimo 5 secuencias...