Practicas in silico


LABORATORIO–TALLER

Practicas in silico


Daniel García 501411828
Marta Cecilia Isaza 501415855
Adriana Vásquez 501423970




LABORATORIO-TALLER
LABORATORIO DE BIOQUIMICA VEGETAL
FACULTAD DE CIENCIAS AGROPECUARIAS
(Octubre 05 de 2015)


1- Qué tipo de proteína son las que se adjuntan en el presente ejercicio?
2- Calcular el peso molecular (MW) y el punto isoeléctrico (PI) de cada una delas secuencias proteicas que se adjuntan.
3- Obtener el modelo 3D de la secuencia proteica original y del fragmento generado por la digestión con tripsina de cada una de las secuencias proteicas, e incluir extremos C-terminal y N-terminal.
4- Hacer un alineamiento de la secuencia primaria de la proteína que se adjunta, con las cinco (5) secuencias con mayor similaridad del GenBank.
5- Determinarcon exactitud la composición de residuos de aminoácidos presentes en la secuencia primaria de la proteína.

Secuencia proteica (A):
Pvhdteghelsadgsyyvlpaspghgggltmaprvlpcpllvaqetderrkgfpvrftpwggaaapedrtirvstdvrirlnaaticvqstewhvgdepltgarrvvtgpligpspsgrenafrvekygggyklvscrdscqdlgv
Secuencia proteica (B):Mkknimnklvlstallllgttstqlpktpisfsseakaynisenetninelikyytqphfslsgkwlwqkpngsihatlqtwvwyshiqvfgseswgninqlrnkyvdifgtkdedtvegywtydetftggvtpaatssdkpyrlflkysdkqqtiigghefykgnkpvltlkeldfrirqtliknkklyngefnkgqikitadgnnytidlskklkltdtnryvknpknaqievileksn
Secuencia proteica (C):trsfyndghlngwdyvrkenqgtvsevsnvvfkgtsalkmtqtytpgytgryhsevdhnrgyqrgeeqfygfafrlsedwqfqpqsyniaqfianrpgagcggddwmpstmiwiqnnqlysryvnghyrqpncgrnivtrpnlatvsagawhrvvlqikwasdntgyfkiwfdgakvheeynvattvdddsvfqfrvglyanswhddghmtgtqgfrqvwydevavgttfadvdpdqa
Secuencia proteica (D):
Miktieeiilikksallasktlgmlakevkpgintlyldhlaesfirdhggipaflglydypntlcvspnyqvvhgvpnqeplcdgdilsidcgvymngfygehaytfevgrvpntikkflnrskeslyiglskckqgnsigdigysiqscienygysvvkdlvghglgk kmhedpqipnfgekgrglkleegfvlsiepmvnrgnpgvifhddgwtvttsdkdisahfehnvaivdghpcllstyryiyqelniqsleeepfqnekin


Notas:
1. Fecha límite de entrega: Octubre 19 de 2015 (Entrega personal antes del medio dia).IMPRORROGABLE!
2. Número máximo de estudiantes por grupo: Tres (3)
3. Debe hacerse entrega física (papel) y digital (CD) del taller resuelto.
4. Adjuntar revisión bibliográfica sobre las proteínas y especies identificadas.
5. Cada integrante del grupo debe estar en capacidad de responder y/o sustentar cada una de las respuestas del taller-Examen.


Herramientas de Bioinformáticahttps://www.genscript.com/ssl-bin/site2/peptide_calculation.cgi
http://web.expasy.org/peptide_mass/
http://www.innovagen.se/custom-peptide-synthesis/peptide-property-calculator/peptide-property-calculator.asp
http://geno3d-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d_automat.pl?page=/GENO3D/geno3d_home.html
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/page.cgi?id=indexhttp://web.expasy.org/protparam/
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/





Secuencia Proteica A:
Pvhdteghelsadgsyyvlpaspghgggltmaprvlpcpllvaqetderrkgfpvrftpwggaaapedrtirvstdvrirlnaaticvqstewhvgdepltgarrvvtgpligpspsgrenafrvekygggyklvscrdscqdlgv

1-Qué tipo de proteína son las que se adjuntan en el presente ejercicio?
Es una Alpha amylase inhibitor, (Oryza sativa indica group)


2-Calcular el peso molecular (MW)y el punto isoeléctrico (PI) de cada una de las secuencias proteicas que se adjuntan.

Calculo de peso molecular manual:

146 * 110: 16060 Daltos
146 * 0,11: 16,06 kiloDaltos

Calculo de peso molecular demostrativo: Ensilico

Peptide Sequence:
PVHDTEGHELSADGSYYVLPASPGHGGGLTMAPRVLPCPLLVAQETDERRKGFPVRFTPWGGAAAPEDRTIRVSTDVRIRLNAATICVQSTEWHVGDEPLTGARRVVTGPLIGPSPSGRENAFRVEKYGGGYKLVSCRDSCQDLGVModificaciones:
No
Formula:
C683H1079N203O209S5 
Peso Molecular 15638.51
Punto isoeléctrico
6.92


3- Obtener el modelo 3D de la secuencia proteica original y del fragmento generado por la digestión con tripsina de cada una de las secuencias proteicas, e incluir extremos C-terminal y N-terminal.












Secuencia Proteica A, Modo Alambre:



Secuencia Proteica A, Modo Cintas.




Secuencia...