Pratico Evol




Práctico N°1: Sistemática Filogenética I
















Introducción
La sistemática filogenética es una herramienta importante a la hora de dilucidas las relaciones evolutivas entre especies. Permite establecer posibles relaciones y así contribuir a la mejor clasificación de las especies, también permite establecer hipótesis relativas a los eventos de especiación, tal como lo sonalgunos eventos vicaríanticos o cambios climáticos abruptos.
Para establecer estas “hipótesis de evolución” de los clados y sus componentes se establecen topologías que son representaciones de las distintas divergencias entre grupos y la emergencia de nuevas especies. Estas representaciones se establecen a partir de criterios de comparación (homologías), que pueden ser morfológicos o genéticos. Eneste caso el criterio de comparación consiste en analizar las diferencias del gen mitocondrial ADNr 12S.
El análisis consiste en establecer las distancias génicas (que tan diferente son las secuencias entre todas) y establecer hipótesis de relaciones entre estas, generándose por medio del programa informático MEGA6. El método utilizado es llamado Máxima Parsimonia y consiste en hallar unarepresentación (árbol) que explique de manera más parsimoniosa (con el menor número de homoplasias).
Objetivo: Poner a prueba la hipótesis de trabajo: “la diferenciación de los ratites fue propiciada por la fragmentación de Gondwana”.

Hipótesis de trabajo: La diferenciación de los Ratites fue propiciada por la fragmentación de Gondwana, por lo que se espera que exista correlación entre lasdiferenciaciones entre grupos y la aparición de los respectivos rifting. El árbol representa las hipotéticas relaciones en base a los tiempos de fragmentación de los componentes de Gondwana.


Alineamiento de secuencias a partir del archivo fasta. La importancia del alineamiento es establecer que los genes a comparar, en las secuencias, son de las mismas regiones. De este modo se procede a resaltar sus zonasde similitud, indicando si existen relaciones entre los genes, y por ende, entre especies.

Estudio de los alineamientos: establecimiento de sitios conservados, variables, informativos y singletons.
De los 360 sitios, 88 son variables, 61 son filogenéticamente informativos según el criterio de máxima parsimonia, 27 son singletons. La definición de singleton es aquel cambio único en un solo sitio.Con respecto al sitio 5, si bien es variable, no es filogenéticamente informativo bajo el criterio de la máxima parsimonia por que se necesitan al menos cambios en dos sitios para poder comparar.

Análisis filogenético utilizando el criterio de máxima parsimonia.(500 boostsrap). Al analizar los valores de apoyo de los clados se observa que el grupo de kiwi, ñandú y moa 1,2 están muy relacionados.Mientras que los clados perdiz & ñandú así como moa3 y moa4 poseen valores de relación muy bajos. El grupo Kiwi-Emu-Casuario-Avestruz (KECA) está muy relacionado, mientras que dista del grupo de los Moa y Perdiz-Ñandú (MOPN).

Árbol de consenso.
Compare los valores de bootstrap con los obtenidos por otros compañeros. ¿Por qué difieren? Justifique.


Árbol generado por Neighbor-Joining. Existen dosgrandes clados diferenciados el grupo MOPN y el grupo KECA.


Calculando la distancia genética de pares. Se observa que la distancia genética es menor entre especies emparentadas, sin embargo existen grandes diferencias entre perdiz y casi todos los demás, menos el ñandú.

Distancia génetica total. La distancia genética total indica que el grupo está relacionado entre si.

De acuerdo a losresultados obtenidos: ¿La hipótesis de trabajo se ve falsificada o corroborada?
Falsificada, ya que el Avestruz estaría más relacionado con especies de Oceanía. Mientras que el Moa estaría mas relacionado a especies Sudamericanas. Sin embargo existe un gran parecido en la topología, por lo que si habría cierto consenso entre ambos arboles. Que el Avestruz esté relacionado con especies de Oceanía y que...