Procedimientos en microbiologia clinica

Procedimientos en Microbiología Clínica
Recomendaciones de la Sociedad Española de Enfermedades
Infecciosas y Microbiología Clínica

Editores: Emilia Cercenado y Rafael Cantón

37.
Metodos de identificación
bacteriana en el laboratorio
de microbiología

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Coordinador: Germán Bou Arévalo
Autores:

Ana Fernández Olmos
Celia García de la Fuente
Juan Antonio SaézNieto
Sylvia Valdezate Ramos

ISBN-978-84-614-7932-0

I

ÍNDICE DEL DOCUMENTO CIENTÍFICO
1. Introducción
2. Métodos fenotipicos de identificación
2.1. Introducción
2.2. Objetivos y utilidad de los métodos fenotípicos de identificación
2.3. Fundamentos de la identificación fenotípica
2.4. Identificación
2.4.1. Características microscópicas
2.4.2. Características macroscópicas2.4.2.1. Morfología
2.4.2.2. Hemólisis
2.4.3. Cultivo
2.4.3.1. Medios de cultivo
2.4.3.2. Requisitos de crecimiento
2.4.3.2.1.
Atmósfera
2.4.3.2.2.
Temperatura
2.4.3.2.3.
Nutrición
2.4.4. Pruebas bioquímicas
2.4.4.1. Pruebas que se utilizan en la identificación preliminar y con lectura
inmediata
2.4.4.1.1.
Catalasa
2.4.4.1.2.
Oxidasa
2.4.4.2. Pruebas rápidas, con lectura en menos de6h
2.4.4.2.1.
Hidrólisis del hipurato
2.4.4.2.2.
β-galactosidasa (ONPG)
2.4.4.2.3.
Aminopeptidasa
2.4.4.2.4.
LAP
2.4.4.2.5.
Ureasa
2.4.4.2.6.
Indol
2.4.4.3. Pruebas lentas, con lectura de 18 a 48h
2.4.4.3.1.
Óxido-Fermentación
2.4.4.3.2.
Reducción de nitratos
2.4.4.3.3.
Rojo de metilo
2.4.4.3.4.
Voges-Proskauer
2.4.4.3.5.
Agar hierro de Kligler
2.4.4.3.6.
Fermentación deazúcares
2.4.4.3.7.
Hidrólisis de la esculina
2.4.4.3.8.
Coagulasa
2.4.4.3.9.
Fenilalanina-desaminasa
2.4.4.3.10.
ADNasa
2.4.4.3.11.
Hidrólisis de la gelatina
2.4.4.3.12.
Descarboxilasas
2.4.4.3.13.
Lipasa
2.4.4.3.14.
Lecitinasa
2.4.4.3.15.
Utilización de citrato
2.4.4.3.16.
Utilización de malonato
2.4.4.3.17.
Prueba de CAMP
2.4.5. Pruebas basadas en la resistencia a ciertassustancias
2.4.5.1. Optoquina
2.4.5.2. Bacitracina
2.4.5.3. Solubilidad en bilis
2.4.5.4. Crecimiento en caldo hipersalino
2.5. Sistemas comerciales multipruebas
2.5.1. Sistemas comerciales manuales o galerias multipruebas
2.5.2. Sistemas comerciales automatizados

II

3. Métodos moleculares de identificación bacteriana
3.1. Introducción
3.2. Genes empleados como dianas molecularespara la identificación de bacterias
3.2.1. ARNr 16S (rrs)
3.2.2 ARNr 16S-23S y ARNr 23S
3.2.3. rpoB (subunidad β de la ARN polimerasa)
3.2.4. gyrB (subunidad β de la ADN girasa)
3.3. Fundamento de las técnicas de identificación molecular bacteriana
3.3.1. Extracción del ADN cromosómico
3.3.2. Amplificación
3.3.3. Secuenciación del amplicón
3.4. Análisis de secuencias
3.5. Criteriospara la interpretación de resultados
3.6. Indicaciones de la identificación molecular
3.6.1. Identificación de cepas con escasa descripción, con baja frecuencia de aislamiento, o fenotípicamente
atípicas
3.6.2. Identificación de cepas de difícil identificación o de crecimiento fastidioso
3.6.3. Descripción de nuevos patógenos
3.6.4. Identificación de bacterias difíciles de cultivar
3.7.Desventajas de la identificación molecular
3.7.1. Calidad disminuida de las secuencias depositadas en la base de datos y errónea asignación de
especies
3.7.2. Ausencia o baja correlación entre la identificación genotípica y fenotípica
3.7.3. Baja resolución en la identificación mediante ARNr 16S
3.7.4. Presencia de electroferogramas o cromatogramas de ADN mixtos
3.8. Nuevas tecnologías en laidentificación molecular microbiana
4. Métodos proteómicos de identificación bacteriana
4.1. Introducción
4.2. Fundamento y variantes técnicas
4.2.1. Espectrometría de masas
4.2.2. Componentes del espectrómetro de masas
4.2.3. Variantes de la espectrometría de masas
4.2.4. Espectrometría de masas MALDI-TOF
4.2.5. Aplicaciones de la espectrometría de masas
4.2.6. Plataformas comerciales de...