Proteasoma

Proteólisis
La proteólisis llevada a cabo por las subunidades β del núcleo de 20S es a través de un ataque nucleófilo dependiente de treonina. este mecanismo depende de la asociación con unamolécula de agua para la deprotonización¡'¡' del reactivo de hidroxilo de treonina. La degradación ocurre en la cámara central formada por la asociación de los dos anillos β y normalmente no libera productosparcialmente degradados, sino que reduce el sustrato a polipéptidos cortos, generalmente de 7 a 9 aminoácidos de largo, aunque puede variar de 4 a 25, dependiendo del organismo y del sustrato. Elbiomecanismo que determina la largo del producto no ha sido descrito totalmente. Aunque las tres subunidades β catalíticas comparten un mecanismo común, tienen pequeñas diferenciaciones en los sustratosque son consideraradas como en base a quimotripsina, en base a tripsina y en base a PHGH. Estas variaciones en la especifidad son el resultado de contactos interatómicos con residuos locales cerca delos sitios activos de cada subunidad. Cada subunidad β catalítica también posee un residuo de lisina requerido para la proteólisis.
Aunque los proteosomas producen fragmentos peptídicos muy cortos, enalgunos casos estos productos son biológicamente activos y molecularmente funcionales. Ciertos factores de transcripción, incluyendo un componente del complejo presente en mamíferos NF-kB, sonsintetizados como precursores inactivos que al ubiquitinizarse y degradarse proteosómicamente, se convierten en activos. Esta actividad requiere que el proteosoma ¡'¡' el sustrato proteico internamente envez¡'¡'. Se ha sugerido que grandes ciclos ¡'¡' en la superficie de estas proteínas sirven de sustrato proteosómico y entran en la cavidad central mientras que la mayor parte de la proteína semantienen afuera. Efectos similares han sido observados en proteínas de levaduras. Este mecanismo de degradación selectiva es conocido como "proceso de regulación dependiente de ubiquitina/proteosomas"...