proteinas

Existen varios tipos de scanners de microarrays, todos utilizan laser para la excitación de los fluorocromos y tubos fotomultiplicadores para capturar la fluorescencia.
Incrementando la potenciadel láser y/o el voltaje del fotomultiplicador se producirá una intensidad de señal más elevada. La intensidad de señal emitida será proporcional al número de fluorocromos en un gran rango, sin embargodebido a la limitación del fotomultiplicador las señales extremas se desvían de la linealidad.
Así se recomienda utilizar 2 scans para cada “slide”. El primer scan se realiza con un alto voltajepara una mejor detección de los spots con baja intensidad, el segundo se realiza con un voltaje bajo para la detección de los que anteriormente estaban saturados. Es importante para asegurarnos quepropocionan una señal fiable con el pico de RNA, sus señales serán usadas para normalizar las señales de otros spots.
Utilizamos GenePix 4000B scanner, este permite la detección simultanea de 2 marcajesCy3 y Cy5 usando unos parámetros
Potencia del láser 100%
PTM voltaje 500-800
Tamaño del pixel 10 nm
Posición del foco 10 nm
Lines to average 2
Crear un conjunto de datos fiables
Cada punto escatalogado y su señal cuantificada. Es importante que los puntos con baja calidad o con señal no fiable sean “flagged out”. Este paso es llevado a cabo automáticamente por una software gradilla, esteutiliza parámetros como diferencia entre el spot y su fondo, el diámetro del spot y su circularidad, y la homogeneidad de la señal en los spots para asi crear una red de todos los spots. Muchasaplicaciones del software están disponibles para este propósito algunas tienen libre disponibilidad.
Usamos “GenePix” para dispositivos moleculares. El paso de gradilla se hace automáticamente, esrecomendable así repasar el análisis realizado por el programa y corregir los eventos erróneos. Esto asegura que el posterior análisis estadístico se realizara con una alta calidad de spots y con una...