Proteomica

PROTEOMA

• El proteóma es el conjunto de proteínas que un organismo produce, codificadas por un genoma, una célula o un tejido.

• Sin embargo, se desconoce la función biológica de la mayoría de las proteínas codificadas por los genomas.

• El siguiente paso en la era post-genómica debe ser el estudio funcional de estos genes.

• La proteómica puede ayudar a estableceruna conexión entre las secuencias biológicas y su comportamiento biológico.



• La proteómica es el estudio a gran escala de los productos génicos de un genoma, célula o tejido mediante métodos bioquímicos, con el fin de obtener una visión global e integrada de los procesos celulares.

• Proteóma: las proteínas que interactuan para dar a la célula su carácter individual.

DESARROLLODE LA PROTEOMICA

Factores decisivos que condicionan la aparición de la proteómica:

1. La secuenciación de genomas a gran escala y el desarrollo de bases de datos de proteínas.

2 .El desarrollo de técnicas de espectrometría de masas (MS) para analizar proteínas y péptidos.

3. Los avances realizados para la separación de

• proteínas mediante electroforesis bidimensional (2D-PAGE)con la introducción de los gradientes de pH inmovilizados (IPGs).

• La proteómica requiere la implicación de diversas disciplinas como:

• Biología molecular

• Bioquímica

• Microbiología

• Bioinformática

El proteoma es dinámico y múltiple

El proteoma es dinámico

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El proteoma de una célula es reflejo del medio ambiente en que es estudiado.

• Como respuesta aestímulos externos e internos, las proteínas pueden ser modificadas, translocadas, sintetizadas o degradadas.

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Objetivo de la proteómica

El principal objetivo de la proteómica no es sólo identificar todas las proteínas en una célula, sino también crear un mapa tridimensional completo de la célula indicando la localización de las proteínas.
•Obtener el proteóma de unacélula es como tomar una fotografía de todas las proteínas en momento determinado.
•Considerando todas las posibilidades un genoma podría dar lugar a un número infinito de proteómas.
Las proteínas, no los genes, son los responsables de los fenotipos de las células.
•Es imposible determinar los mecanismos de enfermedades, envejecimiento y los efectos del ambiente únicamente estudiando el genoma.•Sólo mediante el estudio de las proteínas se pueden caracterizar las modificaciones proteicas e identificar dianas de fármacos.

TIPOS DE ESTUDIOS

Proteómica de expresión: estudio cuantitativo de la expresión de proteínas entre muestras que difieren en alguna variable.

•Proteómica estructural o del mapa celular: estudio de la localización subcelular de las proteínas y caracterización de lasinteracciones proteína-proteína.

•Proteómica funcional: estudio y caracterización de un grupo de proteínas determinado mediante diversas aproximaciones proteómicas.

PROTEOMICA DE EXPRESION

El análisis del mRNA no es un reflejo directo del contenido proteico de una célula.
•Comparación de la expresión del proteóma total o de subproteomas entre diferentes muestras.
•La informaciónobtenida puede permitir la identificación de:
Nuevas proteínas implicadas en transducción de señales
•Proteínas específicas de una enfermedad

Proteómica estructural

Se basa en aislamiento de orgánulos subcelulares o complejos proteícos mediante purificación.
•Posteriormente se identifica sus componentes mediante espectrometría de masas.
•La información obtenida puede permitir reconstruir laarquitectura celular de las células (mapas de interacción) y explicar como la expresión de ciertas proteínas proporciona a una célula sus características únicas.

Proteómica funcional

En algunos casos, se aislan subproteomas específicos mediante cromatografía de afinidad.
•Esto puede incluir el aislamiento de complejos proteicos o el uso de ligandos proteicos para aislar tipos específicos...