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Microscopios ópticos o fotónicos: este tipo de microscopios utilizan la luz como fuente de energía y las propiedades de los lentes ópticos que permitenaumentar el tamaño de los objetos observados.

Microscopio de campo oscuro: es un microscopio que utiliza un haz enfocado de luz muy intensa en forma de un cono huecoconcentrado sobre el espécimen.

El microscopio de fluorescenciaes una variación del microscopio de luz ultravioleta en el que los objetos son iluminados porrayos de una determinada longitud de onda.

microscopio de luz polarizada: es un microscopio de campo claro al cual se le adicionan filtros que modifican la luz.También se denomina microscopio petrográfico o metalúrgico por su uso inicial en el estudio de minerales, sin embargo su aplicación se ha extendido al campo de labiología, medicina, química y muchas otras disciplinas. 

El microscopio de contraste de fases permite observar células sin colorear y resulta especialmenteútil para células vivas.[1] Este aprovecha las pequeñas diferencias de los índices de refracción en las distintas partes de una célula y en distintas partes de unamuestra de tejido. La luzque pasa por regiones de mayor índice de refracción experimenta una deflexión y queda fuera de fase con respecto al haz principal deondas de luz que pasaron la muestra. 

Microscopio de interferencia. Principios similares al microscopio de fase, pero tienen la ventaja de dar resultadoscuantitativos. Con este instrumento es posible determinar las diferencias ópticas de fase para las diversas estructuras celulares y en consecuencia medir su peso seco.