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3.1 ARRANQUE MBR
El código del MBR, modificado por algunos gestores de arranque, puede realizar una serie de tareas que son distintas según el gestor de arranque. Por ejemplo, en algunos gestores, ese código carga el resto del código del gestor de arranque desde la primera pista del disco (que es espacio libre no asignado a ninguna partición de disco) y lo ejecuta. En otros, usa una tablade posiciones de disco, que se encuentra en el mismo espacio que el código, para localizar el código del resto del gestor de arranque y poder cargarlo y ejecutarlo. Ambas formas tienen problemas. La primera confía en el comportamiento (que no es el mismo en todas) de las utilidades de particionado de disco y la segunda requiere que la tabla de posiciones de disco se actualice una vez se hayanhecho los cambios para localizar el resto del código.
Se asume que el sistema que se está programando usa un esquema MBR para BIOS, como se ha indicado antes, y la BIOS del sistema localiza un MBR válido en un disco particionado durante la secuencia de arranque (boot sequence). Como se ha visto antes, el código convencional del MBR carga y ejecuta el código del Volume Boot Record del sistemaoperativo (o bootloader) que se encuentra al principio de la partición activa. El MBR puede asumir simplemente que la partición activa del disco actual es desde la que se arranca o, alternativamente, puede programarse como un MBR de Arranque dual. Un MBR de arranque dual debe interactuar con el usuario para determinar desde qué partición de disco se arranca y tiene que pasarle el control al MBR deotro disco duro.
En los sistemas operativos de Microsoft no hay acceso directo al MBR. En DOS o Windows 9x, el programa de DOS fdisk junto con fdisk /mbr (del que no hay documentación) reescribirá el código del MBR. En Windows 2000 y posteriores, la consola de recuperación puede usarse para escribir el nuevo código del MBR al disco duro. Existen otras utilidades para editar la tabla departiciones del MBR directamente.
Si se está haciendo un backup del disco duro (lo que en inglés se conoce como ghosting) y da avisos de que no se encuentra el fichero de paginación, seguramente se pueda solucionar con fdisk /fixmbr (ejecutado desde un disquete, ya que no se podrá entrar en Windows).
En DR DOS 6 (y posiblemente otras versiones), el programa FDISK tiene una opción parareescribir el MBR ("Re-write Master Boot Record"). Cuando se ejecuta con esa opción se guarda el antiguo MBR en OLDMBR.BIN, que puede ser copiado en un disquete para que FDISK intente restaurar el MBR original desde él, en caso de necesidad.

3.1.1 SISTEMA FAT

FAT es con mucha diferencia el sistema de archivos más sencillo compatible con Windows NT. El sistema de archivos FAT secaracteriza por la tabla de asignación de archivos (FAT), que en realidad es una tabla en la que reside la parte "superior" del volumen. Para proteger el volumen, se conservan dos copias de la FAT por si una de ellas resulta dañada. Además, las tablas de FAT y el directorio raíz deben almacenarse en una ubicación fija para que se puedan encontrar correctamente los archivos de inicio del sistema. Un discoformateado con FAT se asigna en clústeres, cuyo tamaño está determinado por el tamaño del volumen. Cuando se crea un archivo, se crea una entrada en el directorio y se establece el primer número de clúster que contiene datos. Esta entrada de la tabla FAT indica que éste es el último clúster del archivo o señala al clúster siguiente. La actualización de la tabla FAT es muy importante y consume muchotiempo. Si no se actualiza la tabla FAT periódicamente, pueden producirse pérdidas de datos. Consume mucho tiempo porque las cabezas lectoras de disco deben cambiar de posición y ponerse a cero en la pista lógica de la unidad cada vez que se actualiza la tabla FAT. No hay ninguna organización en cuanto a la estructura de directorios de FAT y se asigna a los archivos la primera ubicación libre de...