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Su construcción comenzó en 1226 bajo el reinado de Fernando III el Santo y las últimas aportaciones góticas se dieron en el siglo XV cuando en 1493 se cerraron las bóvedas de los pies de la nave central, en tiempos de los Reyes Católicos. Está construida con piedra blanca de Olihuelas (en el término de Olías del Rey).
Durante años, la tradición popular no escrita ha venido contando que hubo eneste mismo lugar donde se encuentra la actual catedral un primer templo de la época del primer arzobispo Eugenio (San Eugenio). Este templo fue consagrado por segunda vez el año 587, después de haber sufrido algunas alteraciones, como lo atestigua la inscripción aparecida en el siglo XVI que se conserva en el claustro y dice:
En el nombre del Señor fue consagrada la Iglesia de Santa María encatólico, el día primero de los idus de abril, en el año felizmente primero del reinado de nuestro gloriosísimo rey Flavio Recaredo, Era 625 [13 de abril de 587]
La ciudad había sido sede obispal de la Hispania visigoda. Los numerosos Concilios de Toledo atestiguan su importante pasado eclesiástico. También la abjuración del arrianismo por parte de Recaredo había tenido en ella su lugar y tiempo. Lainvasión musulmana no eliminó de inmediato la impronta cristiana y el obispado se trasladó y quedó establecido en la iglesia de Santa María de Alfizén.
Se cree que el edificio obispal visigodo fue trasformado nuevamente para convertirse en la mezquita mayor de la ciudad de Toledo. Algunos investigadores apuntan que la sala de oración de la mezquita se corresponde con el cuerpo de las cinco navesde la actual catedral: el sahn (o patio) coincidiría con una parte del actual claustro y de la capilla de San Pedro y el alminar con la torre de campanas. Entre los datos arqueológicos actuales es posible observar algunos vestigios de la construcción musulmana: una columna islámica empotrada dentro de la capilla de Santa Lucía; los fustes marmóreos que guarnecen el exterior del coro son unaprovechamiento de una antigua construcción musulmana; los arcos entrecruzados de estilo califal en el triforio de la capilla mayor y en el de la girola, coinciden con la tradición constructora musulmana de Córdoba, si bien evidentemente su estructura es de traza cristiana.
Véase también: Primacía de la Diócesis de Toledo
La ciudad de Toledo fue conquistada por Alfonso VI, rey de León y Castilla en1085. Uno de los puntos de las capitulaciones que hicieron posible la entrega de la ciudad sin derramamiento de sangre fue la promesa de este rey de conservar y respetar los edificios de culto, las costumbres y la religión tanto de musulmanes como de la gran población cristiano-mozárabe; naturalmente, la mezquita mayor se hallaba comprendida en ese compromiso. Poco después, el rey tuvo que ausentarsepor cuestiones de Estado, quedando al frente de la ciudad su esposa Constanza y el abad del monasterio de Sahagún Bernard de Sedirac (o Bernardo de Cluny), que había sido elevado al rango de arzobispo de Toledo. Estos dos personajes, de mutuo acuerdo y aprovechando la ausencia del rey, protagonizaron un hecho desafortunado que, según cuenta el padre Mariana en su Historia General de España, apunto estuvo de provocar una rebelión y un levantamiento no deseado y la ruina de la ciudad recién conquistada.

Urbano II, mediante la bula Cunctis Sanctorum, reconoció la condición de primada a la catedral y diócesis de Toledo
El asunto fue que el día 25 de octubre de 1087, el arzobispo (de acuerdo con la reina Constanza) envió gente armada para que se adueñara por la fuerza del recinto de lamezquita. Después de este lance, instalaron un altar provisional y colocaron una campana en el alminar, siguiendo la costumbre cristiana para «arrojar las suciedades de la ley de Mahoma».[3] Cuenta el padre Mariana que el rey Alfonso VI se enfadó tanto cuando se enteró de lo acontecido que ni el arzobispo ni la reina consiguieron aplacarle y que dictó sentencia de muerte para casi todos los...