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La historia de este municipio se remota a la época de la Colonia, según el historiador Lic. Gustavo G. Velázquez dice que la cabecera municipal Atlautla, fue fundada en 1551 por el cacique Cuahpoltécatl.
Según las relaciones originales de Chalco Amaquemecan de don Francisco de San Antonio Muñoz Chimalpahin Cuautlehuanitzin, cronista indio de la nobleza de Amaquemecan superviviente de la matanzade los conquistadores, recopiló la historia de su pueblo escrita en lengua náhuatl y traducida por Silvia Rendón llegamos a la conclusión que los antiguos habitantes de Atlautla eran descendientes de chichimecas y de éstos se desprenden tres familias que son: totolimpecas amaquemes, tecuamipas y tlayllotlacas atlautecas que a su vez pertenecían a la gran nación otomí. Su ciudad principal lallamaron Itztlacozuahcan luego la cambiaron por Tzacualtitlan, Tenanco, Atlauhtlan, más tarde Amaquemecan, que a su vez pertenecía a Chalco y por eso se llamaba Chalco Amaquemecan toda esta región, hasta la llegada de los españoles.
También el historiador fray Diego Durán nos da una idea muy clara de como estaba poblada y dice: "€œEste cerro (se refiere al Popocatépetl) con ser sus faldas tan ásperasde quebradas, cerros y tierra asperísima, están los cerros pobladísimos de gente y lo estuvieron siempre" (Fray Durán Diego. "Historia de las Indias de la Nueva España, tomo I" 1967, 164).
En las Cartas de Relación de la Conquista de México de Hernán Cortés, dice que cuando pasó por Amaquemecan había como 20,000 habitantes incluyendo los "€œsujetos"€ que le ordenaban. Esos sujetos eran unosasentamientos humanos pobladísimos de gente que Diego Durán anotará más tarde.
Después de la caída de la gran Tenochtitlán llegan aquí los españoles y después de traer a los nativos de las llanuras pastoras, de los cerros, de los breñales, barrancas y cuevas para que recibieran el bautismo; casi de inmediato empezó la mortalidad para esa pobre gente, primero por la matanza que los mismosconquistadores hicieron, enseguida por la peste de la viruela y en 1545-1547 por la enfermedad del cocolifxtli y además llegaron otros españoles que se llevaban por la fuerza a los pobres nativos para esclavizarlos en las minas y en las construcciones de ciudades lejanas, por tal motivo los pueblos quedaron semidespoblados.
Por esta razón el cacique Cuauhpoltécatl fundó Atlautla en 1551 y el señor caciqueMiguel Atzatzayacatzin "€œjuntó"€ los barrios dispersos en los montes para formar el pueblo de Atlautla.
Sin embargo, hay que aclarar que cuando el cacique Cuauhpoltécatl fundó el pueblo, fue con el nombre de: San Jacinto Atlahutlan y fue hasta más tarde que le cambiaron por el de San Miguel; cuando trajeron de Atlixco la imagen de San Miguel Arcángel.
Cuando los evangelizadores les dieron susantito a cada población también les pusieron primero un nombre español y luego el que ya tenían en lengua nahuatl y son como sigue: San Jacinto Atlauhtlan, La Natividad Tepancalco, San Pedro (de éste no se sabe), Santo Domingo Tecomaxochitlan, San Lorenzo Actopan, San Francisco Texinca, San Martín Tlailotlacan, San Bartolomé de Amilco y Santo Santiago Metepec.
Estos son los que se convirtieron enbarrios ya congregados en Atlautla; pero antes eran grandes pueblos junto con otros que desaparecieron como Santa Catarina Atzingo.
El único que existe hasta la fecha es San Juan Tehuixtitlán que era una aldea desde mucho antes de la conquista junto con la otra aldea llamada Xalaltenco y en 1535 se le unió el pueblo de San Juan Bautista que existía en donde ahora se llama Gachupingo porque allívivieron los españoles apodados Gachupines.
Luego en el año 1538 ya unidas las 2 aldeas y la gente que vino de San Juan Bautista, recibió la categoría de pueblo por Manuel de la Fuente, Conde de Tendilla, con el nombre de San Juan Bautista Tehuixtitlán, según escribió el historiador Víctor Sánchez (1830-1925).
Hacia el año 1599 Atlautla, tenía 35 tributarios mexicanos, una iglesia cubierta de...