Rna - Transcription

RNA: Química y estabilidad
• Ribosa: 2’ OH
•Conformación en hélice A •Inestable a la hidrólisis

• Direccional: extremos 5’ y 3’ • Bases modificadas • Estructura secundaria

Hélice exclusivamente en conformación A

Grupo 2’OH permite rápida hidrólisis

Mezcla de 2’ y 3’ NMP

Enrique Castro, 2003

Nucleótidos exóticos en RNAs

Enrique Castro, 2003

RNA: estructura y tipos
RNA ribosómico (rRNA)
• Cadena simple • Alta estructura secundaria • Estructural (ribosoma) • Catalítico
120 nts (5S) 1542 (16S) 2904 (23S) 80 % RNA total

(hélice en bucles intracatenarios)

rRNA 16S

 RNA de transferencia (tRNA)
• Cadena simple • Estructura secundaria media
(hélice en bucles intracatenarios)
73-90 nts 15 % RNA total

• Abundancia de bases modificadas • Adaptador delcódigo genético

 RNA pequeño nuclear (snRNA)
• Cadena simple • Alta estructura secundaria
(hélice en bucles intracatenarios)

>genoma

Desacoplamiento transcripción/traducción
 Transporte al citosol regulado
 Regulación de la tranducción

Histonas rRNA

Mecanismos de regulación
 Dosis génica
         Metilación del DNA Condensación de la cromatina Control de lainiciación Regulación de la elongación/terminación Splicing alternativo Edición del mRNA Transporte nucleocitoplasmático Estabilidad del mRNA Regulación de la síntesis de proteínas

Silenciamiento génico (epigenético)

Transcripción (núcleo)

citoplasma

Enrique Castro, 2003

Estructura de la cromatina y control de la transcripción
Empaquetamiento DNA/Histonas: promotores inaccesibles afactores TAF, RNApol elementos reguladores
El empaquetamiento de los cromosomas metafásicos bloquea todo acceso al DNA

Para la transcripción, el DNA debe remodelarse sin llegar a desorganizarse

Cromatina activa:
• • • • Pobre en H1 Poco metilada (CpG) Rica en HMGs Histonas acetiladass

(promotor: sitios hipersensibles)

Sensibilidad a la DNasa I

HAT

Cromatina condensada No haytranscripción
Enrique Castro, 2003

HDAC

Cromatina relajada Si hay transcripción

Complejos reorganizadores de la cromatina
Actividades enzimáticas
• Reorganización del nucleosoma • Acetilación de histonas
Cambio conformacional ATP-dependiente HATs HDACs

Reclutados por

• Trans-moduladores • Co-moduladores • Mediador

actividad oligómero pCAF/SAGA HAT >20 mSIN3 HDAC >10 SWI/SNFRemodelado >11 Subunidades compartidas con Mediador/THIID

Represión: Desacetilación

HDAC

mSIN3

HDAC

Reclutado por transactivadores/ mediador/co-mod

HAT

pCAF SWI

HAT Activación:

Acetilación

Ensamblaje: HATs B

CAF1 (H3/H4) NAP1 (H2A/H2B)

Enrique Castro, 2003

Amplificadores: Trans-activación
-10 / -50 kb

Elementos potenciadores
-200 -30

Exones intronesy UTRs +10 / +50 kb

Proteínas reguladoras unidas a elementos de control

PIC

Complejo de preiniciación TFIID:
• TBP • 11 TAFs

GTFs + RNApol

Transactivadores Co-activadores Co-represores

Interacción activadora: Mediador/TFIID

Mediador:

• >20 subunits • unido a CTD

Unión a surco menor: curva en DNA dúplex

cooperativas

• Se unen al PIC • Reclutan transactivadores •Reclutan remodeladores

Acción a distancia: Mecanismo de bucle
Enrique Castro, 2003

Amplificadores eucarióticos: elementos cis
Núcleo del promotor:
 Próximo a +1  Unión de RNApolII •TATA •GC-box •Inr
(core promoter)

Elementos proximales:

elemento CAAT box GC box Octámero κB ATF

s. consenso GGCCAATCT GGGCGG ATTTGCAT GGGACTTTCC GTGACGT

factor C/EBP, CTF1 SP1 Oct-1 NF-κB ATF Posición cercana (hasta -200 pb) Siempre 5’ Orientación fija Afectan al promotor inmediato

Amplificadores:

Elementos distales (0.1-50 kb) 5’, 3’ y en intrones Orientación bidireccional Controlan grupos de genes

• Todos los anteriores + • Elementos de respuesta  a hormonas  choque térmico (HSTF) HRE CRE TRE SRF GRE RARE sec. consenso factor CREB AP-1 SRF GR RAR/RXR...