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Con el surgimiento del Istmo de Panamá, el planeta experimentó cambios resultantes del orden mundial actual. Durante tres millones de años, Panamá se ha separado de los océanos y se unió a doscontinentes. Se promovió el intercambio de especies entre las Américas, lo que permite que la fauna amazónica colonice zonas tan al norte como México y la creación de la abundante biodiversidad tropical quetenemos hoy. Es responsable del desarrollo extensivo de los arrecifes de coral, inició un nuevo patrón de la circulación oceánica mundial, contribuyó a la glaciación del hemisferio norte, y cambió elclima de los trópicos. Debido al istmo, los vientos que atraviesan la Corriente del Golfo se calientan y Europa está a salvo de la congelación durante el invierno. Incluso es posible que losancestros de la raza humana bajaran de los árboles a causa del cambio climático en áfrica, que fue también un producto del surgimiento del Istmo.

Hace veinte millones de años un océano cubría la zona enPanamá de hoy en día (en el gráfico de arriba a la derecha, posible estado hace 10 millones de años). Había una brecha entre los continentes de América del Norte y del Sur a través del cual las aguas delos océanos Atlántico y Pacífico fluían libremente. Debajo de la superficie, dos placas de la corteza terrestre fueron poco a poco chocando entre sí, obligando a la placa del Pacífico a deslizarselentamente bajo la placa del Caribe. La presión y el calor causado por esta colisión condujo a la formación de volcanes submarinos, algunos de los cuales habían crecido lo suficiente como para salir ala superficie del océano y formaron islas tan temprano como hace 15 millones de años. Más y más islas volcánicas se formaron en el área durante los próximos varios millones de años. Mientras tanto, elmovimiento de las dos placas tectónicas también fue empujando desde el fondo del mar, finalmente, obligaron a algunas zonas a superar el nivel del mar.

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