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En 1868 formó parte de la comisión de marinos peruanos que adquirió en los EstadosUnidos los monitores Atahualpa y Manco Cápac. Los expertos estadounidenses se negaron a conducir dichas naves en la riesgosa travesía hacia el Perú (vía el Atlántico y el extremo sur de Sudamérica), puesestaban diseñadas para la navegación fluvial y no para alta mar; por ese motivo, los marinos peruanos asumieron el desafío, tomando Aguirre el puesto de segundo comandante del Atahualpa. Tras año ymedio de recorrido, los monitores llegaron al fin a costas peruanas (junio de 1870), culminando una misión que fue considerada entonces como una hazaña naval.
Aguirre fue ascendido a capitán decorbeta en 1870. Nombrado como segundo comandante de la corbeta Unión, viajó en ella aInglaterra con la misión de inspeccionar las reparaciones que necesitaba la nave. A su regreso, tradujo y publicó una obrasobre estudios relativos a la navegación en el Estrecho de Magallanes.
Fue nombrado Sub-director de la Escuela Naval, y en 1875 pasó a ocupar el comando de la cañonera Chanchamayo, tripulada porjóvenes recién egresados de la Escuela de Grumetes. En dicho oficio confirmó su reputación de marino serio y estudioso, instruido y práctico. Pero cuando naufragó dicho buque, frente a Falsa Punta Aguja,fue destituido y enjuiciado (1876). Noblemente defendió a todos sus oficiales y pidió para él todo el rigor de la ley. Separado de la escuadra, se dedicó al negocio guanero, ocupando un puesto en...
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