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Causas
Según las conclusiones de las investigaciones oficiales del gobierno estadounidenses, los ataques cumplían con la intención declarada de al-Qaeda, expresada en la fatwa de 1998 de Osama bin Laden, Ayman al-Zawahiri, Abu-Yasir Rifa'i Ahmad Taha, Shaykh Mir Hamzah, y Fazlur Rahman (emir del Movimiento Yihadista de Bangladesh, Fazlur Rahman).
Dicha fatwa lista tres "crímenes y pecados"cometidos por los estadounidenses en opinión de sus autores:
Apoyo militar de los EE.UU. a Israel.
Ocupación militar de la península arábiga por EE.UU.
Agresión estadounidense contra el pueblo de Iraq.
La fatwa establece que los Estados Unidos:
Saquea los recursos de la Península arábiga.
Dicta la política a seguir a los gobernantes de dichos países.
Apoya a regímenes y monarquías abusivosque oprimen a su propia gente.
Tiene bases e instalaciones militares en la península arábiga, violando así su Tierra Santa, con el fin de atemorizar a los estados vecinos.
Intenta dividir a los estados árabes con la finalidad de debilitarlos como fuerza política.
Apoya a Israel, y desea distraer a la opinión mundial de la ocupación de Palestina.
La Primera Guerra del Golfo, el posteriorembargo sobre Iraq, y el bombardeo de este país por Estados Unidos son citadas en la fatwa de 1998 como prueba de esas alegaciones. Para desaprobación de musulmanes moderados, la fatwa cita textos islámicos como exhortación de la acción violenta contra militares y ciudadanos estadounidenses hasta que los agravios alegados se solucionen: estableciendo que "los ulemas a lo largo de la historia hanestado de acuerdo en que la Yihad es un deber individual si los enemigos destruyen los países musulmanes."
Declaraciones de al Qaeda grabadas tras el 11 de septiembre confirmaron las suposiciones estadounidenses sobre la autoría. En un video de 2004, aparentemente reconcociendo la responsabilidad de los ataques, bin Laden afirma que la Guerra del Líbano de 1982, de la que considera responsable a losEstados Unidos, le impulsó a desarrollar los atentados. En el vídeo, bin Laden también afirma que con ellos quería "restaurar la libertad de nuestra nación," para "castigar al agresor" e inflingir daños en la economía estadounidense. Declaró que uno de los objetivos de su guerra santa era "desangrar Estados Unidos hasta la bancarrota."[50] Bin Laden dijo también:
"Juramos que los estadounidensesno vivirán seguros hasta que vivamos en Palestina. Esto ha mostrado la realidad de los Estados Unidos, que pone los intereses de Israel por encima de los de su propia gente. Estados Unidos no obtendrá nada de esta crisis hasta que abandone la Península Arábiga y cese en su apoyo a Israel."
El informe de la Comisión del 11S determina que la animosidad contra los Estados Unidos de Khalid ShaikhMohammed, principal arquitecto de los ataques, procedía "no de sus experiencias como estudiante, sino de su violento desacuerdo con la política exterior estadounidense en favor de Israel". Los mismos motivos se han imputado a los dos pilotos que se estrellaron en el WTC: Mohamed Atta, quien fue descrito por Ralph Bodenstein (compañero suyo de trabajo y viajes) como "principalmente imbuido por laprotección de los Estados Unidos a las políticas israelís en la región". Marwan al-Shehhi se dice que explico su estado de ánimo con las palabras "¿cómo puede la gente reir cuando hay personas muriendo en Palestina?"

En contraste con estas conclusiones, la administración Bush redujo los motivos del ataque al "odio a la libertad y la democracia, ejemplificados por los Estados Unidos".
Según elexperto antiterrorista Richard A. Clarke, los conflictos internos en el mundo musulmán son la causa de los atentados del 11 de septiembre. Específicamente, bin Laden y otros residentes de Arabia Saudí y Egipto, creen que la mayoría de los gobiernos de Oriente Medio son apóstatas,[52] que no siguen su modelo de piedad islámica, dado que ninguno es un califato. Inspirados por el teólogo egipcio...