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La hipòtesis de la Endosimbiosis propuesta por Linn Margulis explica el origen de las mitocondrias, se cree que una cèlula huèsped alojò a una bacteria heteròtrofa y aerobia, esta bacteriaincorporada dentro de la cèlula huèsped por evoluciòn quìmica quedò convertida en Mitocondrias, los vestigios o pruebas moleculares aprueban la hipòtesis de la endosimbiosis. 
Entre los vestigios molecularesfiguran: 
- El ADN de tipo procariota circular y cerrado. 
- Los ARN. 
- Los Ribomas. 
- Cadena oxidativa, respiratoria o de transporte de electrones. 
Estos elementos de una bacteria heteròtrofaaerobia estàn presentes en las mitocondrias.

Se cree que tantos los cloroplastos (exclusivas de celulas vegetales) como las mitocondrias (tanto en celulas animales como en vegetales) fueroncelulas independientes fagocitadas por otras celulas (celulas ecucariotas en este caso)... 
Estas celulas pequeñas fagocitadas le fueron utiles a la celula que las fagocitó. Gracias al ADN mitocondrial lacelula pudo reproducir nuevas celulas que también tuvieron mitocondrias, útiles porque es allí dónde se sucede la cadena transportadora de electrones (se suele decir que esta celula hace la"respiración celular" lo que hace en realidad es aportar una gran cantidad de energía a la célula y al organismo por ende).

El origen de los eucariontes es un complejo proceso que tiene un origen procariota.Si bien hay varias teorías que explican este proceso, según la mayoría de estudios se produjo por endosimbiosis entre varios organismos procariotas, en donde el ancestro principal protoeucariota es detipo arqueano y las mitocondrias y cloroplastos son de origenbacteriano. Es discutible la incorporación de otros organismos procariotas. Los organismos eucariontes forman el dominio Eukarya queincluye a los organismos más conocidos, repartidos en cuatro reinos: Animalia (animales), Plantae (plantas), Fungi(Hongos) y Protista (que no pueden clasificarse dentro de los tres primeros reinos)....