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El sistema de tres dominios es una clasificación biológica propuesta por Carl Woese y colaboradores en 1977, que clasifica el árbol de la vida en tres grupos primarios: Bacteria,Archaea y Eucarya.Woese se basó en las diferencias encontradas en la secuencia delARN ribosomal de la subunidad menor, para concluir que estos grupos se desarrollaronpor separado de un progenitor común llamado progenote.Este sistema llamado de tres dominios, reemplaza al anterior sistema de dos imperiosformado por los grupos Eukaryota y Prokaryota.
Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitiótratarlas como dominios en 1990,1 siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas.
Aunque rápidamente la mayoría de los sistematistas moleculares aceptó el sistema de tres dominios, algunosbiólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la singularidad de las arqueas y por ignorar las fuertes similitudes entre los grupos. Sin embargo, estudios posteriores han confirmado quela membrana de las células de las arqueas tiene una composición inusual, así como la estructura de sus flagelos.3 Otras diferencias significativas son los sistemas de las arqueas para la replicacióndel ADN y latranscripción, que son bastante diferentes a las de los eucariotas. Por ejemplo, las ARN polimerasa de las arqueas constan de hasta 14 subunidades, mientras que las ARN polimerasa de lasbacterias sólo tiene 4. Los análisis de dichas subunidades sugieren que están más estrechamente relacionadas a las encontradas en los eucariotas. Así también, las arqueas producen un número deproteínas de unión al ADN similar a las histonas de los eucariotas.
La siguiente tabla comparativa relaciona las diferentes características eucariotas, bacterianas y arqueanas:
Dominios
ARCHAEA
BACTERIAEUCARYA

Estructura celular procariota
procariota
eucariota

Cromosomas
uno circular concromatina
uno circular y
desnudo múltiples lineales con
cromatina
Composición de la pared celular...