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Protozoos: principalmente foraminíferos. Protozoos constituidos por protoplasma y caparazón, de tamaño promedio entre 0.5 y 1 mm de diámetro. Dependiendo de las condiciones de vida pueden dividirse en foraminíferos bentónicos (fondos) y planctónicos (columna de agua). Su Crecimiento puede ser continuo o periódico (unilocular y multilocular); su ciclo de vida es de 2 semanas a 2 meses en losplanctónicos a más de 3 años en los bentónicos. Pueden ser como herbívoros, carnívoros, omnívoros. Se conocen desde el Precámbrico los f. bentónicos (600 ma), y desde el Triásico los f. planctónicos (Cretácico), siendo durante el Terciario donde alcanzan su mayor auge.

En las arenas de la playa de Cocholgüe se encuentran especialmente foraminíferos del género Cribrorotalia.

Porifera:pluricelulares simples y microfagos, sin tejidos, caracterizados por células llamadas coanocitos. Estructuralmente, se pueden distinguir tres estados: asconoide, siconoide y leuconoide, dependiendo de la complejidad desde una forma de saco con una gran cavidad interior a una de cámaras redondeadas conectadas por redes de canales desde y hacia el exterior. Poseen un esqueleto de espículas de sílice ocarbonato de calcio.

Uno de los géneros posibles de encontrar es Haliclona sp., de estructura siconoide a leuconoide, perteneciente a la Clase Demospongiae y con espículas de silice.

Cnidaria: acelomados radiados dulceacuícolas y marinos, con dos capas de células. Poseen dos formas fundamentales: pólipo y medusa. El primero tiene forma de columna con tentáculos en su parte superior y la segunda deforma de campana con tentáculos que bordean su contorno. Ambos presentan una boca en el centro. La célula característica son los cnidoblastos que producen cnidocistos, los cuales pueden inocular líquidos irritantes para capturar sus presas. Poseen la característica de formar esqueletos externos calcáreos formando los llamados arrecifes de coral. Generalmente presentan coloniabilidad aunque estadossolitarios también se conocen sin esqueleto como actinias y corales como Fungia.
En la Bahía es posible encontrar actinias de diferentes géneros como Phymactis sp. (pólipo), Lophogorgia (colonial) y Laomedea (colonial) sobre Macrocystis.

Ctenophora: este phylum se caracteriza por incluir a organismos globosos, transparentes de tamaño pequeño a mediano, principalmente planctónicos,exclusivamente marinos. Las células características son coloblastos y están compuestos de una gran cantidad de mesoglea, fibras y células musculares.
Poco probable encontrarlos en la salida, pero si en muestras de plancton.

Platyhelminthes: acelomados, bilaterales, planos y carentes de ano definitivo. Poseen protonifridios con células flamíferas. Carecen de sistema circulatorio, respiratorio yesquelético. Con ciclos reproductivos complejos en las formas parásitas y reproducción asexual en las planarias. El sistema nervioso en las planarias está representado por ojos y nervios. El sistema digestivo se conserva casi en el mismo nivel de los cnidarios, sin embargo poseen una faringe evertible en la planarias de posición variable. Hermafroditas.
En la Bahía es posible encontrar planarias(policladas) del género Notoplana.

Nemertini: gusanos planos de tamaño variable, que avanzan sobre los platyhelminthes en el sistema digestivo y circulatorio. Tienen boca y ano por primera vez y poseen una trompa evaginable con cavidad y revestimiento propio. El sistema circulatorio aunque simple es cerrado. Son de sexos separados.
Podemos encontrar a Lineus.

Mollusca: son los animales más comunesdespués de los artrópodos, presentan pie, masa visceral, manto, rádula, y ctenidios. Alimentación principalmente microfaga. No obstante los pulpos son macrofagos. La respiración se realiza por branquias o ctenidios situados en la cavidad paleal. El sistema circulatorio es abierto. El rasgo más característico de los moluscos es la presencia de una (gastrópodos) o más conchas, éstas cubren parcial o...